前往柚子七島與文旦果園的危機
正在橘子群島旅行的小智、小霞與小建，乘著拉普拉斯來到了著名的「柚子七島」。這裡以盛產巨大的文旦（柚子）而聞名。小智等人一登岸，就被果園主人奈奈誤認為是偷果賊，經過一番解釋後才化解誤會。奈奈向大家介紹了培育這些文旦所需的漫長與艱辛過程，然而就在此時，果園傳來了真正的緊急狀況。
大胃王卡比獸的跨海襲擊
一隻極度飢餓的卡比獸出現在島上，並以驚人的速度吞食著成熟的文旦。這隻卡比獸不僅食量驚人，更令眾人驚訝的是，它竟然能以俐落的「蝶泳」姿勢跨越海域，在不同的島嶼之間穿梭覓食。奈奈與果園工作人員雖然極力阻攔，甚至連火箭隊也試圖染指這場文旦騷動，但在卡比獸強大的食欲與噸位面前，所有人皆束手無策。
多樣化的戰術與無效的阻攔
為了守護果園，小智與小霞陸續派出了妙蛙種子、傑尼龜、海星星甚至是可達鴨與角金魚試圖阻止卡比獸，但所有的攻擊對卡比獸來說就像是餐間的點綴。小智隨後嘗試了多種催眠戰術，小霞試著用數卡比獸的方式進行催眠，而火箭隊甚至變裝大唱搖籃曲，但卡比獸依舊不為所動，將島上的文旦掃蕩一空。
胖丁的歌聲與成功收服卡比獸
小智最後決定利用胖丁（經常隨行出沒）的歌聲來解決問題。他們特地為胖丁架設了一個專屬舞台，引誘胖丁上台演唱。當胖丁那具有強力催眠效果的歌聲響起時，卡比獸終於抵擋不住睡意陷入沉睡。小智把握這難得的機會，命令皮卡丘發動雷擊削弱其體力，最後成功投出精靈球捕獲了這隻大胃王卡比獸。
轉禍為福的生命力
危機解除後，奈奈感謝小智一行的幫助，並送給他們當地的名產「文旦皮砂糖漬」。雖然大部分的果實被吃掉，但工作人員發現，卡比獸吃過後排泄出的種子竟然展現出驚人的生命力，在極短的時間內就長出了新芽。這預示著來年島上將會迎來更大的豐收。小智帶著新加入的夥伴卡比獸，與奈奈道別後繼續踏上橘子群島的旅程。