重逢與新的目標
在結束了豐緣地區的旅程後，小智回到了真新鎮。充滿活力的小智在吃完早餐後，便迫不及待地跑向大木研究所，探望他在那裡生活的老夥伴們。與此同時，小遙、小勝也來到了真新鎮，並與小智的媽媽花子會合。在研究所內，小智見到了大木博士、小建、正在協助研究的小霞，以及帶著小勝一同前來拜訪的小田卷博士。大木博士向小智介紹了關都地區特有的「對戰開拓區」，激發了小智想要挑戰開拓之腦的決心。而小遙也決定在關都地區挑戰寶可夢華麗大賽，於是眾人約定再度一同展開旅行。
寶可夢的交流與火箭隊的詭計
在研究所廣大的後院中，小智與龍蝦小兵、月桂葉、火球鼠、小鋸鱷等夥伴們開心重逢，並向新加入的豐緣夥伴們介紹彼此。小遙也放出了她的力壯雞和妙蛙種子與大家交流。就在氣氛和樂融融時，火箭隊三人組偽裝成電視節目「寶可夢星期天」的採訪團隊，企圖誘騙大家放下戒心，隨後啟動了強大的「寶可夢專用捕獲機械」，打算將後院所有的寶可夢一網打盡。面對危機，小智的妙蛙種子與小遙的妙蛙種子發揮默契，配合卡比獸的泰山壓頂與力壯雞的火渦，最後在皮卡丘的十萬伏特電擊下，成功粉碎了火箭隊的野心。
新的夥伴與旅程的起點
戰鬥結束後，一隻在研究所內顯得有些膽小的傑尼龜主動向小遙示好，大木博士看出傑尼龜非常中意小遙，決定將牠託付給小遙作為新的夥伴。而小遙為了讓自己的妙蛙種子能向小智那隻經驗豐富的妙蛙種子學習，決定將牠留在研究所。大木博士隨後贈送給小智與小遙最新款的寶可夢圖鑑，小建也為小勝的寶可夢導航員更新了對戰開拓區的地圖資料。正當一行人準備出發前往首站「對戰工廠」時，小智的小小象突然出現並表達想要跟隨的心願，小智也欣然同意讓牠重新加入隊伍。最後，在老夥伴小剛驚喜現身加入後，小智、小遙、小剛與小勝四人再度組成堅強的團隊，正式邁向關都對戰開拓區的新冒險。