疲憊的旅途與突發的混亂
在成功挑戰對戰工廠並獲得知識象徵後，小智、小遙、小剛與小勝繼續朝向下一個設施「對戰競技場」前進。然而，在翻越險峻山脈的途中，眾人因長途跋涉而疲憊不堪且飲用水耗盡。小智、小遙與小剛帶著水躍魚前往溪邊尋找水源，留下小勝負責照看留守的寶可夢們。沒想到，一群守護山領的小拳石突然現身並發起攻擊，導致皮卡丘、傑尼龜、龍蝦小兵與小卡比獸在混亂中與小勝走散。
火箭隊的狡詐陰謀
躲在暗處的火箭隊發現這座山竟是由一隻巨大的大岩蛇所統治的「岩石寶可夢王國」。狡猾的喵喵利用其溝通能力，向大岩蛇國王編造謊言，聲稱小智一行人是專門捕捉岩石寶可夢的惡徒，並汙衊皮卡丘是其邪惡部下。大岩蛇信以為真，隨即派遣隆隆石與隆隆岩將皮卡丘等寶可夢全數捕獲。就連隨後趕來尋找夥伴的小剛，也一同被關進了岩石牢籠之中。
證明清白的決鬥
小智趕到山頂救援，面對大岩蛇的敵意與火箭隊的挑撥，小智堅稱自己絕非惡人。大岩蛇國王提出一對一的對戰要求：若小智能在戰鬥中展現勇氣並獲勝，牠便願意相信小智的清白。小智派出森林蜥蜴應戰，儘管大岩蛇體型巨大且力量驚人，森林蜥蜴仍憑藉敏捷的速度與屬性優勢，以「種子機關槍」和「葉刃」對大岩蛇造成重創。大岩蛇在對戰中感受到了小智與寶可夢之間正義且堅定的羈絆，心中開始產生動搖。
火力的真面目與反擊
正當對戰進行到關鍵時刻，火箭隊見奪取皮卡丘的時機成熟，便露出了真面目。他們啟動了專門對付岩石寶可夢的「消防119梅君」機械，利用岩石系最畏懼的大量水流攻擊大岩蛇與眾多岩石寶可夢。在混亂中，森林蜥蜴捨身救下了陷入困境的大岩蛇，徹底拆穿了火箭隊的謊言。憤怒的大岩蛇與醒悟過來的岩石寶可夢們決定與小智聯手反擊。
重歸和平與新的出發
在眾多岩石寶可夢的掩護下，小智指揮水躍魚、傑尼龜與龍蝦小兵同時發動水屬性招式壓制火箭隊的機械，最後由皮卡丘使出強力的一記「十萬伏特」，將火箭隊擊飛至遠方的天際。誤會冰釋後，大岩蛇為了表達歉意，親自帶領族群將小智一行人送至山腳下。在與大岩蛇國王友好道別後，小智一行人再次充滿朝氣地邁向未知的對戰開拓區旅程。