森林中的幻影與姐弟的隔閡
小智、小光與小剛在前往濱海市的森林中迷路，途中遇到了一隻黑暗鴉，隨後便陷入了奇怪的幻影之中。就在眾人混亂之際，一位名叫露琪的少女救了他們，並解釋這些幻影是由她弟弟米奇的黑暗鴉施展「奇異之光」所產生的。露琪告訴小智一行人，她的弟弟米奇最近變得很反常，不僅躲避她，還在森林裡對路人惡作劇。為了修補姐弟間的感情，露琪正在尋找傳說中隱藏在森林裡的「暗之石」，希望讓她的夢妖進化成夢妖魔，藉此對米奇施展能讓人幸福的咒語。
誤解的真相與心中的矛盾
一直躲在暗處觀察的火箭隊得知了暗之石與幸福咒語的消息，決定利用秘密裝置搶先奪取寶石。與此同時，小智與小光找到了米奇，發現他正嚴厲地強迫黑暗鴉進行特訓。原來米奇心中一直感到不平，他認為姐姐露琪之所以想讓夢妖進化，是為了在寶可夢對戰中一直贏過他。因為米奇只顧著追求強大而忽視了黑暗鴉的感受，導致黑暗鴉開始不再聽從他的指令。小智提醒米奇，如果不能與寶可夢心靈相通，是無法變強的。
火箭隊的奇襲與奪回行動
小剛與露琪在夢妖的引導下，終於在古老的礦區遺跡中尋獲了暗之石。此時，火箭隊駕駛著巨大的波波形狀機器人「哈皮藍色機械」現身，不僅奪走了暗之石，還抓走了夢妖。露琪為了守護夢妖與弟弟的幸福，冒險攀爬上巨大的機器人與火箭隊周旋。小智等人趕到現場，米奇看見姐姐陷入危險，終於意識到自己的錯誤，誠心地向黑暗鴉道歉。黑暗鴉感受到米奇的真心，決定再次與他並肩作戰。
重拾羈絆與嶄新的開始
在米奇的指揮下，黑暗鴉與小智的姆克鷹展開精湛的空中配合，成功從火箭隊手中救回了夢妖並奪回暗之石。最後，皮卡丘使出十萬伏特將火箭隊擊飛。戰鬥結束後，露琪與米奇解開了彼此的誤會，他們決定不再依賴夢妖魔的咒語，而是約定好進行十場對戰，勝者才能獲得這顆暗之石。看到姐弟倆重拾往日的競爭意識與深厚情誼，小智一行人也帶著新的決心，繼續朝著目標前進。