三曜道館的激烈決戰
在三曜道館的最終對戰中，小智派出了水水獺對抗天桐的花椰猴。面對花椰猴威力驚人的「太陽束」，小智指挥水水獺巧妙地利用胸前的扇貝貝擋下了攻擊，令天桐感到驚奇。隨後天桐進入了「評鑑時間」，以寶可夢酒侍的身份分析小智與寶可夢的配合，並批評小智的進攻方式過於單調。在陷入苦戰時，小智展現了靈活的創意，讓水水獺向牆壁發射「水槍」並藉由反彈力加速，成功使出「貝殼刃」擊敗花椰猴。最終小智以兩勝一敗的成績，成功獲得了他在合眾地區的第一枚徽章——挑戰徽章。
奇幻的夢境與真菰博士
戰鬥結束後，三曜市突然出現神祕的粉紅色光芒，這股力量讓艾莉絲的牙牙在內的寶可夢陷入沉睡。此時，研究寶可夢能量的真菰博士帶著食夢夢現身，食夢夢吃掉了牙牙的夢境，並將其投影出來，畫面顯示牙牙夢見自己進化成了斧牙龍與雙斧戰龍。真菰博士解釋，這些光芒是夢夢蝕釋放的「夢之煙霧」，這也讓她意識到多年前在研究實驗中失蹤的夢夢蝕正處於危險之中。
夢之遺址的衝突與火箭隊的計畫
一行人趕往城郊的「夢之遺址」，那裡曾是真菰博士研究將夢境轉化為能源的實驗室，卻因世人的野心與慾望導致夢夢蝕崩潰並引發大爆炸。在那裡，小智發現了火箭隊的武藏、小次郎與喵喵，他們正利用儀器試圖強行重啟遺址的能量。夢夢蝕因儀器的影響而現身並感到痛苦，小智與皮卡丘、食夢夢合力發動攻擊，成功干擾了儀器並解救夢夢蝕。儘管火箭隊隨後帶著收集到的數據撤退，但夢夢蝕總算平安與真菰博士重逢，城市的混亂也隨之平息。
新夥伴加入與目標七寶市
在事件圓滿解決後，天桐被小智在戰鬥中展現的無限可能性與對寶可夢的熱情所吸引，決定辭去道館館主的工作，以寶可夢酒侍的身份與小智一同旅行。同時，一直與小智同行的艾莉絲也正式加入了旅行隊伍。小智、天桐、艾莉絲三人正式結伴，立志朝著下一個目的地「七寶市」邁進，目標是挑戰七寶道館並獲得下一枚徽章，新的冒險就此展開。