新型培育屋的誘惑
小智、小霞、小剛與愛好攝影的少年阿徹一同旅行。某日，他們在電視上看到一家新開幕的寶可夢培育屋廣告，經營者聲稱能透過充滿愛的照料讓寶可夢完美進化。小智一行人來到培育屋，發現店內人滿為患。小霞為了讓總是發呆的可達鴨變得更聰明、表情更犀利，決定將可達鴨暫時寄放在這間標榜「愛就是一切」的培育屋。
歐姆蛋包飯的挑戰
隨後，一行人來到一家餐廳，發現店長是一位超級可達鴨迷，他發起活動：只要能讓他見到可達鴨，就能享受歐姆蛋包飯吃到飽。為了這頓大餐，小霞急忙趕回培育屋想領回可達鴨，卻發現培育屋已經打烊。在小霞的堅持下，眾人決定從後門潛入，想先帶回可達鴨。
隱藏在黑暗中的真相
眾人潛入後驚訝地發現，培育屋內部並非廣告宣稱的豪華旅館，而是環境惡劣、擠滿籠子的倉庫。更過分的是，可達鴨的眼皮被膠帶強行貼住，以此做出「犀利」的假象。此時，經營者亞馬多與小三郎現身，揭露了兩人的真實身分——火箭隊的精銳成員。他們假借培育屋之名，打算將蒐集到的優秀寶可夢獻給坂木老大。
火箭隊內部的對抗與陷阱
正當亞馬多與小三郎慶祝作戰順利時，武藏、小次郎與喵喵也潛入想偷走寶可夢，兩組火箭隊人馬發生衝突。亞馬多與小三郎展現出比武藏等人更高的手腕，在君莎小姐趕到時，反過來誣告小智、小剛以及武藏一行人是闖入培育屋的小偷。不知情的君莎小姐將小智等人悉數逮捕帶回警局，現場僅剩下小霞與阿徹脫逃。
阿徹照片的決定性證據
為了拯救同伴，小霞與阿徹展開行動。皮卡丘成功取回了阿徹在倉庫內拍下的犯罪照片。小霞向君莎小姐出示這些照片，揭穿了亞馬多與小三郎虐待寶可夢並盜竊的罪行。真相大白後，小智的小火龍與皮卡丘擊潰了亞馬多的小三郎，兩人最終被捕入獄。小智一行人重獲清白，並在餐廳享受了夢寐以求的歐姆蛋包飯。最後，阿徹與小智等人道別，繼續前往山區拍攝寶可夢，雙方約定日後再見。