迷失深山與地鼠的阻撓
小智、小霞與小剛在前往淺紅市道館的途中於深山中迷路。他們偶然來到興建中的「高津高水壩」工地，發現這項龐大的工程因為受到大量地鼠的破壞而停滯不前。工地主任為了驅逐地鼠，特地召集了許多優秀的寶可夢訓練家前來幫忙，並承諾提供溫泉飯店三天兩夜的住宿券作為獎勵。
小茂的嘲諷與寶可夢的異常反應
正當小智一行人抵達現場時，小智的宿敵小茂也帶著他的專屬拉拉隊出現，並嘲諷小智是從真新鎮出發的四名訓練家中最落後的一位。隨後，工地主任要求在場的訓練家們派出寶可夢對付地鼠，但奇怪的事情發生了：不論是小茂還是其他訓練家，所有的寶可夢都拒絕從精靈球中出來。小智試圖派出傑尼龜應戰，但傑尼龜同樣縮在球裡不願出戰。小茂察覺到寶可夢們似乎有某種不願戰鬥的理由，隨後便帶著拉拉隊離開了工地。
地鼠的真相與火箭隊的進化
小智一行人留在原地觀察，發現地鼠與其進化形三地鼠並非單純在搗亂，而是在分工合作：三地鼠負責耕耘土地，地鼠則負責栽種樹木，這整座山林其實是牠們細心呵護的「森林農園」。如果水壩建成，這片森林將會徹底淹沒在水底，這正是寶可夢們不願參與戰鬥的原因。工地主任在了解真相後深感愧疚，意識到工程對生態的破壞，決定放棄水壩的建設計畫。與此同時，潛伏在旁的火箭隊武藏與小次郎，因為長期戰敗累積的「經驗值」，他們的阿柏蛇與瓦斯彈竟然在這一刻同時進化成了阿柏怪與雙彈瓦斯。
森林保衛戰與旅程繼續
進化後的火箭隊再次現身向小智挑戰，並試圖展現強大的實力。小智派出了皮卡丘、小火龍、傑尼龜與妙蛙種子迎擊。在戰鬥中，地鼠與三地鼠群也集結起來支援，利用驚人的速度與群體力量將火箭隊徹底擊飛。隨著水壩工程的正式終止，森林得以維持其原有的生機。小智一行人也再次確立了前進的方向，跨越群山，繼續朝著淺紅市道館邁進。