抵達大都會與下水道的意外
小智、小霞與小建一行人抵達了曼達林島上最大的城市「大都會」。正當他們讚嘆城市景觀時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵正準備使用特製的爆彈陷阱來捕捉他們。然而，火箭隊的計畫失敗，爆彈反而在自己腳下爆炸，導致火箭隊率先掉進了地底。隨後，小智一行人也不慎掉入一個神祕的大洞，來到了一處幽暗的地下水道。
地下水道的神祕襲擊
在探索地下水道尋找出口時，小智隱約聽到了鈴鐺聲。突然間，一個不明的神祕生物從暗處伸出長長的觸手，將小智的妙蛙種子拉入了橫穴中。小智救人心切想追上去，卻被隨後趕到的君莎小姐制止。君莎小姐將眾人帶回地表，卻為了保密而暫時將他們關押在警察局。在那裡，他們見到了大都會的市長。市長正忙於一週後的連任選舉，為了不讓「地下道有怪物」的傳聞影響選情，他嚴令禁止眾人對外洩露消息。
市長的殘酷計畫與喬伊小姐的請求
市長為了徹底根除怪物，私自編制了一支特種部隊準備進入下水道進行殲滅作戰。喬伊小姐對此表示強烈反對，她認為那可能是某種新種或變異的寶可夢。為了保護寶可夢並找回失蹤的妙蛙種子，小智一行人在喬伊小姐的幫助下，從小路再次進入地下水道。同時，市長的部隊開始行動，甚至不顧小智等人還在下面，下令用混凝土封死所有出入口，企圖將怪物與知情者一同掩埋。
神祕怪物的真相：被遺棄的妙蛙種子
小智派出了在大木研究所交換過來的臭臭泥，利用其對下水道環境的適應力成功找到了妙蛙種子。令人驚訝的是，所謂的「怪物」其實是一隻體型異常巨大的妙蛙種子。這隻妙蛙種子脖子上掛著帶有鈴鐺的項圈，上面印有市長的家族徽章。原來，這隻妙蛙種子是市長小時候養的寶可夢，因為遲遲沒有進化而被市長狠心丟棄到下水道，卻靠著下水道豐富的營養長成了巨大的體型。儘管被主人拋棄，這隻巨大的妙蛙種子在見到市長時，依然展現出喜悅與懷念之情。
衝突解決與新的旅程
市長在混亂中掉進地下水道，卻毫無悔意，甚至要求部隊射殺救了他的妙蛙種子。小智果斷下令皮卡丘使用十萬伏特制服了特種部隊，並救出了受困的寶可夢。最終，這隻巨大的妙蛙種子交由喬伊小姐在寶可夢中心照顧，而市長的惡行也將在選舉中受到市民的審判。解決了地下道危機後，小智一行人聽從君莎小姐的建議，準備搭船前往下一個目的地——柚子島，向第三座橘子聯盟道館發起挑戰。