前往紫苑鎮：尋找對抗超能力的方法
在金黃市慘敗給道館館主娜姿及其超能力寶可夢後，小智一行人聽從小剛的建議，前往紫苑鎮尋找能夠對抗超能力屬性的幽靈寶可夢。當他們抵達籠罩在濃霧中的紫苑鎮時，四周散發著詭異的氣氛。儘管小霞和小剛對傳聞中鬼魂出沒的「寶可夢塔」感到畏懼，但在小智的堅持下，眾人決定鼓起勇氣進入塔內一探究竟。
潛入寶可夢塔：幽靈寶可夢的惡作劇
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也為了奪取皮卡丘而潛伏在塔內，卻意外遭到幽靈寶可夢鬼斯的戲弄，嚇得狼狽不堪。小智進入塔後，派出小火龍用尾巴的火焰照明。他們在塔內發現了一個擺滿豪華晚餐的房間，並在一連串離奇的機關（如「引我」的拉繩）中被鬼斯通與耿鬼捉弄。小霞和小剛因為受不了極度的恐懼而逃離塔外，留下小智與皮卡丘繼續留在塔中挑戰神祕的對手。
靈魂出竅：小智與幽靈們的空中漫步
小智嘗試讓小火龍攻擊鬼斯通，但所有攻擊在虛無的氣體身軀面前都毫無意義。在混亂中，一個沉重的吊燈意外墜落，砸中了小智與皮卡丘，導致他們的靈魂脫離了肉體。這時，鬼斯通與耿鬼顯現出友善的一面，帶著小智與皮卡丘的靈魂飛向高空俯瞰整座紫苑鎮。小智在與幽靈們一同玩耍的過程中，發現這些幽靈寶可夢並非邪惡，只是因為長期孤獨、渴望玩伴才會對造訪者惡作劇。
意外的夥伴：鬼斯通的加入
在塔外，小霞和小剛正對著昏迷的小智與皮卡丘悲痛吶喊。小智意識到自己還有成為寶可夢大師的夢想，必須回歸肉體，於是告別了幽靈們並重新醒來。雖然小智最終決定不強行收服牠們，但鬼斯通似乎對小智產生了濃厚興趣，決定主動跟隨他前往金黃市挑戰娜姿。故事的最後，火箭隊被困在耿鬼製造的旋轉木馬陷阱中持續哀嚎，而小智則帶著意想不到的強大盟友重新踏上了征途。