遇見尋找土龍弟弟的少年
小智、小霞與小剛在前往淺黃市尋求下一個道館賽的途中，遇見了一位名叫紀一的少年。紀一正拿著捕蟲網在草叢中焦急地尋找名為「土龍弟弟」的寶可夢。經過詢問後得知，這座城鎮最近發生了土龍弟弟的大量出現，城鎮裡的孩子們幾乎人手一隻，甚至會聚在一起比賽土龍弟弟的飛行距離或進行障礙賽跑。紀一因為在那段期間陪父母回鄉探望生病的祖父，回城後發現大量的土龍弟弟已經消失，這讓他感到非常失落。
綠毛蟲的努力與少年的挫折
紀一的朋友弘樹等人展示了土龍弟弟各種可愛的特性，紀一為了合群，試圖讓自己的綠毛蟲參加土龍弟弟們的賽跑比賽。然而，綠毛蟲的速度遠遠跟不上土龍弟弟，甚至在比賽中受了傷。看到紀一為了保護綠毛蟲而選擇中途棄權，小智深感其善良，於是提議大家分頭行動，派出火球鼠、小鋸鱷、貓頭夜鷹以及小霞的蚊香君，動員所有力量幫紀一尋找土龍弟弟。
火箭隊的偽裝詐騙計畫
一直暗中觀察的火箭隊（武藏、小次郎與喵喵）看中了孩子們手中大量的土龍弟弟，決定展開大規模的強奪計畫。他們換上誇張的戲服，在公園舉辦「3D立體紙芝居」表演，內容是土龍弟弟與火焰鳥的對決。表演結束後，他們偽裝成火焰鳥的使者，聲稱可以用傳說中的寶可夢「火焰鳥」跟孩子們交換土龍弟弟。許多孩子信以為真，紛紛交出精靈球，結果換來的全是裝滿石頭的假精靈球。
團結一致擊退火箭隊
孩子們發現被騙後傷心大哭，紀一請小智務必奪回大家的土龍弟弟。此時，火箭隊因失誤讓裝在袋子裡的土龍弟弟全部逃跑，小智一行人趕到後與其對決。在戰鬥中，孩子們為了保護心愛的夥伴，指揮土龍弟弟們集體使出「刺耳聲」與「蛇瞪眼」，配合小智的小鋸鱷發動攻擊，最終成功將火箭隊擊飛，拿回了所有精靈球。
紀一的夢想達成
混亂平息後，之前那隻野生的土龍弟弟再次出現，紀一在小智的鼓勵下，鼓起勇氣指揮綠毛蟲進行對戰。綠毛蟲使出「吐絲」封鎖了土龍弟弟的行動，紀一趁機投出精靈球，終於成功捕捉到了朝思暮想的土龍弟弟。紀一與朋友們重新重修舊好，而小智一行人也告別了開心的孩子們，繼續朝著下一個城鎮邁進。