雷雲下的異變與暴走的電擊怪
小智在獲得對戰開拓區的第三個象徵「戰術象徵」後，與同伴們小剛、小遙及小勝朝著下一個設施「對戰水管」前進。旅途中，眾人注意到遠處岩山頂部籠罩著一片奇異的雷雲，並伴隨著劇烈的落雷。當他們趕到現場時，發現森林裡的美麗花、種子兒與長鼻葉都驚慌逃竄。隨後，他們目睹了一隻狂暴的電擊怪正在瘋狂攻擊受傷的椰蛋樹。小智試圖阻止電擊怪，但皮卡丘尚未熟練的招式「伏特攻擊」發動失敗，場面陷入混亂。在此期間，小小象為了保護大家挺身而出，卻意外導致小遙的神奇寶貝蛋在混亂中失蹤。
火箭隊的介入與魔尼尼的走失
火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也來到了這片森林。他們從受傷的飛天螳螂口中得知，這隻電擊怪是因為吸收了山頂雷雲的強大電力，才變得異常暴躁且充滿攻擊性。火箭隊隨後趁亂撿到了小遙丟失的神奇寶貝蛋盒，但在混亂中，小次郎珍視的魔尼尼卻不慎失蹤。受傷的魔尼尼隨後被小智一行人救起並接受了細心治療，魔尼尼也因此與小小象建立了友誼，甚至開心地模仿起小小象的動作。
電擊怪的痛苦真相與皮卡丘的引導
小剛分析指出，電擊怪並非生性兇殘，而是因為體內積蓄了過多雷電能量，導致身體不堪負荷且情緒失控，情況與皮卡丘過去曾發生的電力過剩症狀極為相似。為了拯救電擊怪，小智決定讓皮卡丘先吸收山頂的落雷，使電力強度與電擊怪對等，再透過對戰引導電擊怪釋放體內多餘的電力。皮卡丘不顧危險，成功承接了落雷，準備與電擊怪展開一場放電對決。
小小象進化為頓甲與大團圓結局
正當計畫進行時，火箭隊駕駛著具備防電功能的「隆隆岩機械」現身，企圖抓走皮卡丘與電擊怪。在戰鬥過程中，小小象為了保護夥伴並奪回小遙的蛋，在光芒中進化成了頓甲。進化後的頓甲展現出強大的力量，以「滾動」配合「破壞光線」將火箭隊的機械徹底摧毀。最終，皮卡丘與電擊怪順利排出了過剩的電力，電擊怪恢復了溫和的性格，並與森林的夥伴們團聚。小遙找回了蛋，小次郎也與魔尼尼重逢。小智一行人告別了電擊怪，帶著新進化的頓甲，繼續邁向對戰開拓區的挑戰。