大木博士的提醒與目標石英高原
小智、小霞與小剛在結束了一段毫無成果的自主訓練後，回到了真新鎮的大木博士研究所。小智原本還優哉游哉地談論訓練計畫，卻被大木博士潑了冷水——原來寶可夢聯盟大賽將在下週開幕，而宿敵小茂早已出發。在母親花子與魔牆人偶的送別下，小智一行人急忙啟程，朝著聯盟大賽的舉辦地「石英高原」前進。
賽藏的挑戰與失去的徽章
在前往石英高原的近路上，一位名叫賽藏的訓練家攔住了小智，並提出以「所有徽章」為賭注的寶可夢對戰。儘管小霞與小剛反對，但在賽藏的挑釁下，小智毅然接受挑戰。第一回合，賽藏實力強勁的嘎拉嘎拉擊敗了小智的妙蛙種子，但隨後小智派出的皮卡丘憑藉靈活的動作與電擊打倒了嘎拉嘎拉。賽藏認輸後坦承自己其實早已失去了徽章，因為他在下山途中中了火箭隊的陷阱，辛苦收集的八枚徽章全被奪走。
火箭隊的內鬨與追蹤
小智感同身受收集徽章的艱辛，決定延後趕路行程，與賽藏一起奪回徽章。此時，火箭隊內部發生了內鬨，武藏私自帶著搶來的徽章逃走，幻想著自己能穿上華麗禮服參加聯盟大賽成為巨星。小智利用比比鳥在空中搜尋，很快發現了正在尋找武藏的小次郎與喵喵。在進行「隨身物品檢查」後，眾人發現小次郎身上只有一些毫無價值的破爛收藏，確定徽章就在武藏手中。此時，對主人失去信心的嘎拉嘎拉因為不滿賽藏的無能而選擇獨自離開。
重拾羈絆與奪回徽章
嘎拉嘎拉在流浪途中，看到了許多訓練家與寶可夢正為了即將到來的聯賽努力練習，這讓牠回想起了與主人賽藏一起經歷的嚴酷修行，最終決定回到主人身邊。此時，武藏正打算向路過的訓練家炫耀徽章，被及時趕到的小智與賽藏攔截。賽藏再度派出嘎拉嘎拉，憑藉著「集氣」提升鬥志，並以威力強大的「骨頭棒」與「骨頭回力鏢」擊敗了武藏的阿柏怪；隨後皮卡丘也補上電擊，將火箭隊徹底擊飛，成功奪回了所有徽章。
邁向石英高原的開幕式
找回徽章的賽藏重新燃起鬥志，與小智約定在聯盟大賽中再見。小剛提醒小智，每一位參賽者背後都有像賽藏這樣充滿汗水與淚水的奮鬥故事，絕對不能輕敵。隨著這段插曲結束，小智一行人終於翻過山嶺，親眼目睹了座落在湖畔、莊嚴神聖的石英高原。寶可夢聯盟大賽的戰火即將點燃，等待著小智的會是怎樣的挑戰，故事即將進入最高潮。