到達桔梗市與寶可夢塾的相遇
小智、小霞與小剛一行人終於抵達了城都地區的第一個道館所在地——桔梗市。在前往道館的途中，他們遇到了兩名活潑的小孩阿翔與小由香，這兩名孩子誤以為小智的皮卡丘是野生的而試圖捕捉。隨後，他們的老師小百合出現並向小智等人致歉，並解釋他們是來自「寶可夢塾」的師生。在小百合老師與活力充沛的喬瓦尼院長的邀請下，小智一行人答應前往教室擔任一日講師，向孩子們分享與寶可夢相處的經驗。小智在課堂上得意地提到了自己在石英大會進入前16強的往事，雖然被孩子們吐槽沒有奪冠，但隨後大家在操場上與妙蛙種子、傑尼龜、大岩蛇等寶可夢共同玩耍，氣氛十分融洽。
喇叭芽之塔的傳說與阿翔的任性
在操場活動時，眾人注意到遠方一座奇特的建築「喇叭芽之塔」。小百合老師介紹這座塔僅靠一根會隨風搖晃的中心柱支撐，其晃動的姿態神似寶可夢喇叭芽。此外，這座塔也是許多訓練家的必經之地，用意在於提醒人們即便踏上旅程，也應保有如「花苞」般的初心。與此同時，頑皮的阿翔因為太喜歡皮卡丘，竟然趁亂拿走小智的怪獸球企圖強行收服皮卡丘。在一陣追逐中，阿翔扔出的球意外擊中了一隻從天而降的野生喇叭芽，雖然成功收服，但阿翔卻對喇叭芽感到不滿，一心只想用它來跟小智交換皮卡丘。
火箭隊的陰謀與佔領塔樓
火箭隊（武藏、小次郎與喵喵）再次現身，他們先是用變聲裝置企圖誘捕皮卡丘未果，隨後轉往喇叭芽之塔展開大規模行動。他們利用雙彈瓦斯的煙幕在塔內製造火災假象，疏散了所有學生並佔領塔樓。火箭隊威脅小智，若不交出皮卡丘就要炸毀這座城市的象徵——喇叭芽之塔。為了確保古蹟安全，小智無奈之下只能讓皮卡丘暫時交給對方。火箭隊為了應對皮卡丘的電擊，甚至準備了特製的絕緣橡膠手套，成功制伏了皮卡丘並打算搭乘手動火箭逃走。
喇叭芽的反擊與守護初心
在千鈞一髮之際，小智鼓勵阿翔指揮他的新夥伴喇叭芽戰鬥。雖然阿翔一開始不情願，但喇叭芽展現出驚人的戰鬥天賦，靈活地躲過攻擊並施展「飛葉快刀」，成功切斷了綑綁皮卡丘的繩索。隨後，小智的妙蛙種子也加入戰局奪回火箭隊的遙控器。火箭隊在混亂中啟動了火箭，卻因為手動操作失誤而導致火箭爆炸，再次化作星光消失在天際。事件結束後，阿翔體會到了喇叭芽的厲害與可愛，決定與它成為真正的搭檔，並與小智約定日後再戰。
結語與前往桔梗道館
隨著喇叭芽之塔恢復平靜，小智一行人與寶可夢塾的師生們告別。小智從小百合老師的話語中領悟到「初心」的重要性，體認到自己在成為大師的路上仍如花苞般需要磨練。帶著這份覺悟與新得到的信心，小智與皮卡丘充滿鬥志地邁向桔梗道館，準備迎接他在城都聯盟的第一場正式挑戰，目標是擊敗館主阿速並奪下第一枚勳章。