前往紫堇市的插曲：機關屋大賽
小智、小遙、小剛與小勝一行人在前往下一個道館所在地紫堇市的途中，偶然看到了一張「機關屋大賽」的活動海報。比賽的優勝獎品是極其誘人的一年份「能量方塊」，這讓小遙感到非常興奮。與此同時，夢想著升職加薪的火箭隊三人組也盯上了這個獎項，決定參加比賽。在會場門口，小智一行人遇到了一位帶著「咕妞妞」的少女阿奇娜，阿奇娜表示她參賽是為了加深與咕妞妞之間的默契與信任。
機關大王的考驗與胖丁的亂入
比賽正式開始，由自稱「機關大王」的神秘男子主持。參賽者必須通過充滿各種機關的屋子。第一區域是複雜的迷宮，正當小智與阿奇娜在迷宮中尋找出口時，老熟人「胖丁」突然現身。胖丁像往常一樣開始唱歌，導致小智、小遙、阿奇娜以及火箭隊全體陷入沉睡。然而，令人意外的是，咕妞妞因為擁有「隔音」特性，完全不受歌聲影響而沒有睡著。由於沒人聽完歌曲，憤怒的胖丁在所有人的臉上畫滿了塗鴉。隨後阿奇娜發現咕妞妞失蹤了，眾人只好暫時放下比賽，合力在迷宮中尋找咕妞妞。
重重機關與火箭隊的惡意妨礙
眾人在機關屋中經歷了獨木橋、繩索橫越、選擇箱子以及落穴陷阱等重重考驗。機關大王不斷出現在螢幕上講些冷的笑話。期間，火箭隊為了奪取獎品並捕捉稀有的寶可夢，多次對小智與阿奇娜進行干擾。他們先是利用獨木橋陷阱讓眾人摔落，隨後又在繩索區域進行破壞。儘管遭遇重重困難，小智一行人仍憑藉著毅力來到了最後的關口——集體跳繩十次的試煉。
最終對決與阿奇娜的成長
在跳繩試煉處，火箭隊三人組偽裝成工作人員，趁隙抓走了皮卡丘與咕妞妞。面對火箭隊的惡行，阿奇娜鼓起勇氣指揮咕妞妞反擊。咕妞妞展現了強大的實力，先後使出「刺耳聲」與「超音波」讓飯匙蛇與刺球仙人掌陷入混亂，最後再以威力驚人的「巨聲」重創對手。小智也指揮龍蝦小兵使用「螃蟹拳」助攻，成功將火箭隊擊飛，救回了被抓走的寶可夢。雖然最後由來自紫堇市的少年少太獲得了冠軍，但阿奇娜對於能與咕妞妞建立起深厚的羈絆感到非常滿足。
落幕與胖丁的最後一筆
大賽結束後，阿奇娜與小智一行人告別，咕妞妞也因為剛才的激戰而疲倦地睡著了。就在眾人準備啟程前往紫堇市時，胖丁再次出現在頒獎台上唱歌，結果包含機關大王在內的所有現場人員全部睡著，無一倖免地被胖丁在臉上畫上了螺旋塗鴉。在胖丁不滿的表情中，機關屋大賽宣告結束，小智一行人也繼續踏上前往紫堇道館的旅程。