前往武斗島的意外曲折
在卡那茲美道館取得第一個徽章後，小智一行人準備搭船前往下一個目的地——武斗島。小遙提議在出發前先去品嚐卡那茲美市最好吃的義大利麵，沒想到眾人抵達後，卻發現餐廳早已荒廢。小勝查看資料後才驚覺，小遙從電腦列印出來的數據竟然是十年前的舊資料。更糟糕的是，由於時代變遷，舊港口早已停用，新的港口位於遙遠的岬角彼端，導致他們錯過了早上的船班。
神祕老人與長翅鷗小皮
急於彌補過失的小遙獨自去尋找船隻，意外在海邊遇見了一位名叫哈奇的老人，以及他的夥伴長翅鷗「小皮」。小遙利用小剛特製的寶可夢食物迅速與怕生的小皮建立友誼。哈奇老人曾是一位資深的船員，自稱「海之若大將」，他慷慨答應要用自己的船載小智一行人去武斗島。與此同時，火箭隊也躲在暗處窺視，計畫同時搶奪皮卡丘與具備「療癒系」潛力的長翅鷗。
水艦隊的威脅與挾持
當小遙帶著小智等人回到哈奇老人的住處時，老人的態度卻突然變得冷淡，強硬地要求他們離開。原來，昨日入侵德文製造股份有限公司的水艦隊成員正躲在屋內，並利用龍蝦小兵挾持了小皮，威脅哈奇老人載他出海。這時，君莎小姐趕到並警告眾人水艦隊成員正潛逃至此。小勝與小剛隨即推理出，歹徒為了躲避陸上的非常線，必定會利用哈奇老人的船從海上逃脫，眾人立刻趕往船塢救人。
小皮號出擊與海上追逐戰
在船塢，水艦隊成員與龍蝦小兵強行奪走船隻並擄走小皮。就在眾人束手無策時，哈奇老人揭開了秘密武器——超高速船「小皮號」的帆布。老人感性地分享自從遇見小皮後，他重燃航海熱情並親手打造了這艘船。眾人搭乘小皮號在海上展開激烈追逐，儘管對方的龍蝦小兵發動「泡泡光線」攻擊，小智仍指揮皮卡丘在高速移動中奮力抵抗，試圖救回被困的小皮。
順利營救與航向新挑戰
經過一番驚險的追逐，小智等人終於在歹徒與水艦隊潛水艇會合前成功救回了小皮，雖然水艦隊成員最後仍搭乘潛水艇逃逸，但哈奇老人與小皮平安重逢。為了感謝大家的幫忙，哈奇老人聯絡了開餐廳的好友，讓小遙如願品嚐到美味的義大利麵。在飽餐一頓後，小智一行人搭乘哈奇老人的船正式啟航，目標直指ホウエン地方的第二個道館所在地——武斗島。