迷失在幻影森林
小智、小霞與小剛在前往下一個道館所在地——桔梗市的途中，不慎進入了一片陰暗恐怖的森林。這片森林被稱為「幻影森林」，小智一行人遭遇了會移動且會說話的樹木幻象，嚇得魂飛魄散。就在此時，小智的宿敵小茂帶著一隻咕咕出現，咕咕利用其特殊能力看穿了幻象，讓景物恢復原狀。小茂嘲諷小智連基本準備都沒做好就想闖關，並警告說沒有咕咕的引導，是不可能走出這片森林的。
租借神祕的導航寶可夢
為了順利脫困，小智一行人找到了森林中專門租借咕咕的阿鈴婆婆。然而，優秀的咕咕都已經被借走了，只剩下一隻尚未成熟、從未成功帶領旅人走出森林的「半吊子」咕咕。這隻咕咕性格古怪，對自認為美少女的小霞和阿鈴婆婆百依百順，卻對小智充滿敵意，甚至不斷用嘴啄擊他。儘管如此，小智為了不輸給小茂，還是決定帶著這隻咕咕展開挑戰。
看穿幽靈寶可夢的幻覺
在森林深處，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也因為迷路而出現，並趁亂抓走了皮卡丘，但最後因經費不足購買的劣質繩索斷裂而失敗。隨後，森林中愛惡作劇的鬼斯與耿鬼利用濃霧製造出大量的小智幻影，企圖迷惑大家。在危急時刻，小霞溫柔地鼓勵咕咕，希望牠能發揮實力證明自己。受到鼓勵的咕咕終於鼓起勇氣，使出能力看穿了所有幻覺，揭發了鬼斯與耿鬼的真身。
成功走出森林與新的旅程
看清目標後，小智指揮妙蛙種子與皮卡丘聯手發動攻擊，成功擊退了惡作劇的幽靈寶可夢群。咕咕也在這次經驗中成長，成功將眾人帶領到森林的出口。在森林的另一頭，他們遇見了阿鈴婆婆的雙胞胎姊妹阿金婆婆。這隻咕咕證明了自己不再是半吊子，而是能獨當一面的導航員。告別了咕咕與阿金婆婆後，小智一行人再次重整旗鼓，朝著桔梗市的方向繼續邁進。