莎莉娜的啟程與小智的卡洛斯聯盟登記
故事開端，在卡洛斯地區的朝香鎮，莎莉娜正在為挑選旅行服裝而煩惱。儘管母親希望她繼續練習獨角犀牛賽跑，但莎莉娜心中早有決定，她要前往米亞雷市的布拉塔諾博士研究所領取她的第一隻寶可夢，並展開自己的旅程。與此同時，剛抵達卡洛斯地區的小智，在希特隆與柚麗嘉的陪同下，來到寶可夢中心進行卡洛斯聯盟的參賽登記。在喬伊小姐與助手胖可丁的協助下，小智完成了登記手續，並獲得了新的徽章盒，正式邁向成為寶可夢大師的第一步。
初次邂逅咚咚鼠與不速之客箭雀
小智透過視訊通話向大木博士展示了他在卡洛斯地區的第一位夥伴——呱呱泡蛙。通話結束後，希特隆與柚麗嘉決定加入小智的旅程，眾人一同前往首個道館所在地——白檀市。在4號道路的森林中，他們偶遇了一隻可愛的咚咚鼠。柚麗嘉對其一見鍾情，希望能讓哥哥希特隆幫忙「代為收服」。然而，正當眾人準備用果實引誘咚咚鼠時，一隻野生的箭雀突然衝出搶走了果實，不僅嚇跑了咚咚鼠，還挑釁了在一旁的呱呱泡蛙。箭雀優異的飛行速度和挑釁態度，讓小智燃起了收服它的鬥志。
希特隆的科學發明與意料外的危機
為了對付在空中占有優勢的箭雀，希特隆展現了他的科學專長，拿出名為「鳥寶可夢吸引機」的裝置。希特隆解釋這部機器能發出刺激鳥類導航系統的頻率，強制引誘鳥寶可夢現身。然而，機器運作後的頻率卻出了差錯，竟然招來了一大群憤怒的大針蜂。眾人在森林中狼狽逃竄，幸好大針蜂群最後散去。雖然發明再次以失敗告終，甚至遭到箭雀的嘲笑，但小智卻因此激發了新的戰鬥靈感，決定利用地形與呱呱泡蛙的特性來正面迎戰。
呱呱泡蛙與箭雀的空中機動戰鬥
小智指揮呱呱泡蛙利用森林中高低起伏的岩石作為跳板，發揮它驚人的跳躍力來彌補飛行高度的差距。戰鬥過程中，箭雀展現了華麗的「影子分身」與高度的飛行技巧，讓呱呱泡蛙陷入苦戰。但小智與呱呱泡蛙展現了高度的默契，利用「泡沫」干擾對方的視線。在關鍵時刻，小智看準時機指揮呱呱泡蛙使出「水之波動」成功擊落箭雀。小智隨即拋出精靈球，經過一番掙扎後，終於成功收服了箭雀，成為他在卡洛斯地區捕獲的第一隻寶可夢。
火箭隊的新夥伴與莎莉娜的抉擇
在另一邊，火箭隊的三人組也抵達了卡洛斯地區，並向坂木老大匯報。就在小次郎為午餐失蹤而煩惱時，發現了一隻一直跟著他們的豪喇花枝。小次郎利用三明治引誘，竟然在沒有戰鬥的情況下輕鬆收服了豪喇花枝。而在米亞雷市，莎莉娜終於抵達了布拉塔諾研究所，她在新聞畫面上看到了小智在稜鏡塔解救烈咬陸鯊的身影，確定了心中追尋的目標。在布拉塔諾博士的引導下，莎莉娜即將從哈力栗、火狐狸與呱呱泡蛙中選出她的最初夥伴，她的冒險也即將正式拉開序幕。