前往海濱度假勝地與大木博士的難題
在寶可夢聯盟開賽前夕，小智回到真新鎮進行自主訓練。此時，小智的媽媽、小霞與小剛正準備前往名為「賓努」的海濱度假勝地進行鎮民旅遊。與此同時，大木博士正為了「呆呆獸」進化的謎題感到困擾——雖然已知呆呆獸與大舌貝合體後會進化成「呆殼獸」，但其具體進化過程與原理連寶可夢圖鑑都沒有詳盡記載。為了查明真相，小智帶著皮卡丘前往賓努拜訪寶可夢學界的權威、也是圖鑑編撰者之一的「西之森教授五世」。
拜訪西之森教授與呆呆獸的生態
小智在賓努與小霞、小剛會合後，一同拜訪了性格獨特的西之森教授。教授也正為了呆呆獸如何與大舌貝結合、以及為何進化後大舌貝會改變外型的謎題而煩惱。在海邊觀察期間，小霞的可達鴨與教授的呆呆獸相遇，兩隻同樣反應遲鈍的寶可夢展開了一場令人哭笑不得、彷彿永遠結束不了的「對話」。小智等人觀察到呆呆獸雖然被稱為「憨憨寶可夢」，卻能熟練地用尾巴釣魚，展現出獨特的生態。
火箭隊的突襲與大舌貝的出現
另一邊，生活拮据的火箭隊三人組在沙灘上挖掘食物時，意外捕獲了一隻大舌貝。此時，正在度假的坂木老大下令武藏、小次郎與喵喵去襲擊西之森教授的研究所，企圖奪取珍貴的寶可夢。火箭隊帶著大舌貝趕到現場，企圖讓大舌貝咬住教授的呆呆獸，強行使其進化後再行搶奪。小智一行人為了守護教授的寶可夢展開反擊。
進化的真相與共生關係的發現
在混亂的戰鬥中，可達鴨一度被大舌貝咬住頭部，在劇烈頭痛下爆發出強大的「念力」與「定身法」控制住局面。然而，火箭隊的大舌貝在混亂中意外脫落，並準確地咬住了呆呆獸的尾巴。眾人親眼目睹呆呆獸成功進化為呆殼獸，而大舌貝也從雙殼貝型態轉變為螺旋狀的殼。西之森教授觀察後得出重大結論：這是一種「共生」關係。呆殼獸因為尾巴上的大舌貝而獲得平衡感，能以雙腳站立並騰出雙手使用「百萬噸拳擊」等招式；大舌貝則藉此獲得了在陸地移動的能力。最終，呆殼獸以強大戰力將火箭隊擊飛，這項研究成果也讓教授在學術界留名。小智一行人結束了這段充滿知性的自主訓練，繼續踏上旅程。