前往煙墨市的途中：抵達悟之湖
小智、小霞與小剛在前往最後一個道館所在地「煙墨市」的旅途中，來到了一座被稱為「悟之湖」的呆呆獸湖。在那裡，小智因為湖泊名稱與自己名字諧音而產生誤會。隨後，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身，雖然這回他們嘗試了不同的伏擊戰術，但隨即被一隻漫不經心地路過的呆呆獸打亂了節奏。
呆呆獸寺的修行邀請
一位名為雅美的修行者出現，向眾人介紹了這座「呆呆獸寺」。她解釋這隻呆呆獸正在思考「自己是誰」以及「存在的本質」。雅美邀請小智一行人（包括為了覬覦寺內黃金呆呆獸像而偽裝成想修行的火箭隊）前往寺廟修行。為了能在修行過後享用美食，大家紛紛答應參加。
修行考驗：坐禪與擦地板
修行的第一階段是坐禪，目標是排除雜念。然而，小智夢想著城都聯盟奪冠、小剛幻想著雅美、火箭隊則想著財寶，眾人都因雜念過多而頻頻受罰。接著，修行轉為擦地板，小智與火箭隊為了競爭速度而飛快地打掃，卻因為擦得不夠仔細而被要求重來。雅美藉此教導他們，修行重在過程與細心，而非單純的速度。
無欲的釣魚與進化的契機
最後一項修行是到湖邊釣魚。喵喵從水系寶可夢口中得知，只有「無欲無求」的人才能讓寶可夢上鉤。當眾人都因為得失心太重而釣不到魚時，那隻一直在沉思的呆呆獸展現了真正的無欲境界，成功釣到了一隻大舌貝。雅美稱讚這代表呆呆獸已經能獨當一面了。
火箭隊的竊盜與呆殼獸的誕生
此時，火箭隊趁機偷走了寺廟的黃金呆呆獸像，並駕駛腳踏式機械企圖逃跑。面對危機，雅美展現了對夥伴的絕對信任。就在此時，被大舌貝咬住尾巴的呆呆獸成功進化為「呆殼獸」，並展現出強大的念力，不僅輕鬆阻止了火箭隊，還將佛像毫髮無傷地送回原位。雅美解釋，當人與寶可夢之間存在著深厚的信任，就能在艱難的道路上不斷前進。
旅程的延續
事件解決後，小智一行人告別了雅美與呆殼獸，帶著對「信任」與「自我提升」的新體悟，重新踏上前往煙墨市的旅程。而作惡多端的火箭隊則被留下來，被迫在寺廟中接受更嚴格的坐禪修行，以磨練他們充滿雜念的心。