神祕的世界最強道館
小智一行人在前往卡那茲市的途中，偶然看見一張宣傳「世界最強寶可夢道館」的告示。抱著好奇與挑戰的心情，眾人來到了一座非官方道館，遇見了充滿自信的訓練家安東尼與他的夥伴大嘴鷗。安東尼宣稱他的大嘴鷗絕對不會落敗，甚至不需要製作徽章。小智隨即展開挑戰，然而在戰鬥中，大嘴鷗竟然接連使出了藤鞭與噴射火焰等不屬於其屬性的招式，導致小智的木守宮與傲骨燕相繼戰敗。最後，皮卡丘與大嘴鷗同時使出「打雷」互相抵銷，雙方以平手收場，小智則趕緊帶著疲憊的寶可夢前往寶可夢中心治療。
大嘴鷗口中的真相
在一旁伺機而動的火箭隊原本想捕捉這隻最強寶可夢，卻在意外中發現了大嘴鷗「強大」的祕密。原來這隻大嘴鷗的巨大嘴巴裡藏著數顆精靈球，裡面分別裝著喇叭芽、小鴨嘴龍、小磁怪等寶可夢，安東尼是利用這些寶可夢在嘴裡發動攻擊來掩人耳目。火箭隊以此把柄威脅安東尼，強迫他合作開設陷阱道館，藉此贏走並掠奪其他訓練家的寶可夢。許多路過的訓練家因此受害，連心愛的夥伴都被奪走。
揭發騙局與火箭隊的野心
小智得知真相後，憤怒地回到道館對質。此時火箭隊變本加厲，為了徹底發揮大嘴鷗的「機能」，甚至讓喵喵躲進大嘴鷗的嘴裡負責調度精靈球。在小智與皮卡丘的對決中，喵喵在嘴裡頻繁更換寶可夢使出煙幕、種子機關槍等多樣招式，讓皮卡丘陷入苦戰。所幸小勝與隨後趕到的安東尼揭露了這場騙術。安東尼因內疚而決定反悔，不再聽命於火箭隊，並在關鍵時刻協助小智奪回被搶走的寶可夢精靈球。
真正的友情與重新出發
火箭隊眼見事敗，企圖利用特殊的防電マジックハンド（魔術手）捕捉皮卡丘。此時小遙與小剛提醒「水能導電」，安東尼便指揮大嘴鷗對火箭隊發射水槍。全身濕透的火箭隊設備因此失去了絕緣功能，被皮卡丘的強力打雷擊飛到天際。事件結束後，安東尼誠心地向大眾道歉並歸還所有寶可夢。小智鼓勵安東尼，雖然之前的手段不當，但他與大嘴鷗的默契是真實的。安東尼深受啟發，誓言要與大嘴鷗從零開始進行正當修煉，目標成為真正的最強組合。小智一行人也帶著新的體悟，繼續朝著卡那茲市邁進。