抵達瓦茲瓦島與沉船傳說
小智一行人為了前往下一個道館所在地綠嶺市，在島嶼間旅行途中來到了著名的度假勝地——瓦茲瓦島。在這裡，他們遇到了自稱為「偉大的海之男」的宗也。宗也向大家展示了他從深海中發現的一個由「綠色碎片」製成的古老項鍊，並提到了島上流傳已久的沉船傳說。據說那艘沉船裝載了大量的財寶，而宗也正是因為在珍稀的寶可夢「古空棘魚」身上發現了這串項鍊，才堅信沉船確實存在。
深海追蹤與火箭隊的襲擊
在小智等人的協助下，宗也駕駛著潛水艇「轟海號」帶領大家前往深海尋找古空棘魚。與此同時，一直躲在暗處偷聽的火箭隊也駕駛著鯉魚王潛水艇尾隨其後，企圖橫奪財寶。在深海中，火箭隊發動了利牙魚導彈攻擊轟海號，企圖阻礙小智一行人。然而，古空棘魚將大家引導至一處充滿亂流的區域，雖然水流湍急，但在宗也豐富的航海經驗與古空棘魚的帶路下，眾人成功進入了一個隱藏在海底山脈中的巨大洞窟。
發現沉船與古空棘魚的樂園
進入洞窟後，眾人驚訝地發現這裡竟是一個充滿發光苔蘚、擁有空氣的巨大海底空間。那艘傳說中的沉船就靜靜地停留在這裡，並成為了許多古空棘魚的棲息地，簡直就像是牠們的樂園。宗也在船艙內順利找到了寶箱，但火箭隊卻在此時現身，不僅奪走了寶箱，還破壞了古空棘魚的家園，最後更用巨石封鎖了洞窟的唯一出口。在絕望之際，古空棘魚們主動引路，帶領大家通過另一條秘密的水下通道，通過宗也高超的駕駛技術成功逃離。
奪回寶藏與真正的財富
回到海面後，小智一行人迅速攔截了準備逃走的火箭隊。小遙派出妙蛙種子奪回寶箱，小剛則派出水躍魚協助戰鬥，再加上古空棘魚們因家園被毀而憤怒發動強力的「水炮」反擊，最後由皮卡丘的雷擊將火箭隊打飛。眾人奪回寶箱後滿懷期待地打開，卻發現裡面裝滿的並非金銀珠寶，而是大量的「綠色碎片」。雖然這不是世俗認定的金錢財寶，但宗也的妻子繪里子卻認為這些碎片能製成許多美麗的飾品，具有獨特的工藝價值。宗也也重拾熱情，決定繼續在海洋中尋找真正的夢想與寶藏，小智一行人也朝著下一個目的地繼續前行。