密阿雷市的混亂與基格爾德的衝突
閃焰隊領袖弗拉達里利用傳說中的寶可夢基格爾德襲擊密阿雷市，巨大的植物蔓延全市，導致城市陷入毀滅危機。小智與艾嵐被帶往幻彩電波塔頂端，親眼目睹弗拉達里企圖將世界「回歸於零」的狂氣。為了守護秩序，被稱為「小軟」的基格爾德核心變身為基格爾德（50%形態），與被閃焰隊操控、全身散發不詳紅光的另一隻基格爾德展開激烈對峙。
分頭行動與各方的救援
在塔下，希特隆、柚莉嘉與莎莉娜正與閃焰隊幹部芭菈、阿凱碧交戰。布拉塔諾博士與瑪農帶著超級烈咬陸鯊及時趕到支援。得知瑪農的哈力栗「哈力」仍被困在弗拉達里實驗室後，莎莉娜決定與瑪農、博士一同前往實驗室展開救援。此時，火箭隊三人組偽裝成密阿雷電視台的記者，以提供直升機協助為名，一同前往閃焰隊的祕密基地，實則盤算著趁亂征服卡羅斯地區。
小智的覺醒與艾嵐的轉變
在幻彩電波塔頂，庫瑟洛斯奇試圖利用從艾嵐那裡收集到的超級進化能量以及強大的電波，來控制小智與甲賀忍蛙的「羈絆現象」。然而，小智展現了無與倫比的意志力，不僅沒有被能量吞噬，反而帶領甲賀忍蛙掙脫了拘束。艾嵐看著小智不屈的身影，終於從自責中清醒，決定不再為弗拉達里工作，並與小智聯手反抗。艾嵐派出噴火龍救出被囚禁的皮卡丘及其他寶可夢，正式與弗拉達里決裂。
弗拉達里的野心與絕望的局面
弗拉達里向小智與艾嵐透露，他過去曾試圖伸出援手拯救世人，卻反被人類的傲慢與貪婪所傷，因此對世界徹底失望，決心建立一個只有「被選中者」的理想鄉。為了掃除障礙，弗拉達里派出了火炎獅與能夠超級進化的閃光暴鯉龍。戰鬥中，小軟最終也敵不過閃焰隊的控制光束，墮入紅色的失控狀態，並與另一隻基格爾德一同發狂。面對兩隻失控的神獸與實力強悍的弗拉達里，小智與艾嵐的命運，以及世界的未來都陷入了前所未有的重大考驗。