受困苦橙島與糧食危機
小智、小霞與小建一行人來到橘子群島的苦橙島已經一週了。由於連日來海面上的天氣極度惡劣，他們不僅無法離開島嶼，連攜帶的寶可夢食物與人類糧食也消耗殆盡。在飢腸轆轆的情況下，小建試圖在野外尋找寶可夢可以食用的植物，卻意外觸碰到了自稱「草大師」的訓練家淳司。淳司對小建誤拔他頭上的「頭頂盆栽」感到憤怒，隨即向小智提出寶可夢對戰。
失控的對戰與卡比獸的麻煩
在對戰中，淳司派出了臭臭花。小智因飢餓導致意識模糊，原本想派出噴火龍，卻接連誤拿精靈球，先是派出了傑尼龜對草屬性寶可夢澆水，接著又放出了沉睡中的卡比獸。更糟糕的是，小智的精靈球在過程中損壞，導致無法將卡比獸回收。卡比獸在睡夢中吃掉了淳司引以為傲的頭頂盆栽以及他母親做的特製便當，讓淳司氣得宣布對戰無效。為了修復精靈球並讓卡比獸回到球中，眾人必須翻越險峻的山脈前往另一側城鎮的寶可夢中心。
誘食計畫與翻山越嶺
面對體重近400公斤且不肯醒來的卡比獸，眾人束手無策。最後小霞想到利用卡比獸的食慾，讓小智穿上「蘋果裝」偽裝成巨大的食物，誘使卡比獸為了吃而主動跑上山頂。經歷了一番折騰，眾人好不容易翻過山頭，並搭乘簡陋的木筏順著河流而下，雖然差點掉下瀑布，但最終成功抵達了寶可夢中心所在的城鎮。然而，由於氣候惡劣，當地的物資也十分匱乏，眾人只能等待喬伊小姐聯繫的緊急糧食空運。
裝甲喵喵登場與最後的反擊
正當空投物資緩緩降落時，火箭隊突然現身，駕駛著具備避雷功能的「裝甲喵喵」奪走了所有的糧食。火箭隊更威脅小智要交出皮卡丘才肯歸還物資。皮卡丘的十萬伏特對裝甲喵喵完全無效，陷入了苦戰。此時，因為糧食被搶走而憤怒爆發的卡比獸展現了前所未有的靈活度與戰鬥力，牠不僅防禦了裝甲喵喵的攻擊，最後更使出威力強大的「破壞光線」，將火箭隊徹底擊飛，成功奪回糧食。
結局與新的友誼
事件結束後，卡比獸吃飽喝足再次進入夢鄉，小智也順利在寶可夢中心修復了精靈球，將卡比獸收回。淳司見識到卡比獸與小智的實力後，對小智改觀並化敵為友，相約未來再次切磋。小智一行人解決了糧食危機，並與島上的訓練家建立了深厚的友誼，繼續朝著下一個道館前進。