無人島上的考古調查
小智、小霞與小建騎乘著拉普拉斯在橘子群島間旅行時，意外發現一座無人島上聚集了大量的人潮。經詢問後得知，由喬伊小姐率領的發掘調查隊正在此地進行考古，目標是尋找已滅絕的「化石盔」化石。傳說中，化石盔的萃取液具有「不老不死」的神奇功效，這使得這項發現不僅具有考古價值，更可能對醫學進步產生重大貢獻。小智一行人對此感到十分好奇，便決定加入調查隊協助發掘工作。
神祕老人的警告與傳說
在調查過程中，眾人頻繁遭遇落石襲擊，隨後發現這一切竟是一位名叫田所的神祕老人所為。田所老人不斷警告眾人應立即離開，並轉述了島上流傳已久的古老預言：「當島嶼遭到破壞、紅月高掛之時，大海將被黑暗籠罩，並發生巨大的災難」。然而，急於研究的調查隊並未理會老人的勸告，隨後更在入り江的懸崖邊發現了驚人的景象：整面岩壁竟然全是由無數個化石盔的化石堆疊而成，這項世紀大發現讓現場陷入一片歡騰。
火箭隊的亂入與災難降臨
就在調查隊準備進行採集時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身企圖搶奪這些珍貴的化石。他們不聽田所老人的阻止，執意引爆炸藥。隨著爆炸的衝擊與天空中顯現的紅月光芒，原本被認為是死物的化石盔竟然全數甦醒過來。原來這些化石盔並非真的滅絕，而是以化石化的型態進入長眠。成千上萬的化石盔集體覺醒並開始向海邊移動，由於整座島嶼的基底是由這些化石盔構成，隨著牠們的離開，整座島嶼開始發生劇烈崩塌並逐漸下沉。
海上逃生與歸於寧靜
在島嶼即將完全沒入海中的危急時刻，眾人依照田所老人的指示逃往森林，並迅速砍伐樹木製作成臨時木筏。在拉普拉斯、傑尼龜、角金魚及海星星等水屬性寶可夢的全力拉動下，眾人終於在島嶼消失前一刻成功脫困。看著無數化石盔在紅月倒影的海面上游向遠方，眾人深刻體會到大自然的奧祕。為了守護這些古老生物的安寧，電視台記者決定不報導化石盔存活的真相，讓這群生命能再次找到安靜的避風港繼續沉睡，為這場驚險的島嶼冒險劃下句點。