龍蝦小兵的性格問題與大膽計畫
為了再次挑戰武鬥道館，小智一行人在武鬥島持續修行。然而，小智的龍蝦小兵性格過於魯莽且好戰，在準備早餐時，牠過度興奮地揮舞雙鉗，將大家的蔬菜和三明治切得粉碎，讓眾人非常無奈。小剛建議必須設法讓龍蝦小兵學會冷靜，於是小智決定在附近的廢棄金山礦坑舉辦一場「膽量訓練」，希望透過恐怖的體驗讓龍蝦小兵變得老實一點。
廢礦坑中的惡作劇高手
與此同時，火箭隊三人組也在礦坑中尋找寶藏。喵喵意外與武藏、小次郎走散，並遇到了居住在黑暗中的「黑暗寶可夢」勾魂眼。這隻勾魂眼生性頑皮，非常喜歡惡作劇嚇人。喵喵發現勾魂眼並沒有惡意，只是長期孤單想找人玩，便狡猾地與牠稱兄道弟，企圖利用勾魂眼的惡作劇能力來捉弄小智一行人，並趁機捕捉皮卡丘。
混亂的膽量訓練
膽量訓練開始後，小遙和小勝披上披風偽裝成鬼怪企圖嚇唬龍蝦小兵，但龍蝦小兵卻毫不畏懼地發動攻擊。隨後，勾魂眼與喵喵聯手展開真正的惡作劇，勾魂眼利用隱身與瞬間移動的能力，在黑暗中不斷挑撥皮卡丘與龍蝦小兵，導致雙方產生誤會而互相爭執。小遙和小勝在混亂中被喵喵困在網中，喵喵更得意地向勾魂眼宣稱他們才是真正的「好朋友」，要一起作惡。
礦坑崩塌與友情救援
武藏與小次郎現身後，企圖強行帶走被困在陷阱裡的皮卡丘和龍蝦小兵。在混戰中，武藏投擲的炸彈引發了礦坑大坍塌，土石封鎖了出口。就在危機時刻，勾魂眼認清了火箭隊的真面目，並選擇幫助小智一行人。牠展現出對地形的熟悉，引導大家從小路逃出生天。來到安全的地點後，小智與勾魂眼合力反擊，皮卡丘與龍蝦小兵聯手使出「鐵尾」與「螃蟹拳」，將火箭隊再次擊飛到遠方。
結語
事件解決後，勾魂眼與小智一行人建立了真正的友誼。雖然龍蝦小兵是否真的變得「老實」還不得而知，但牠在戰鬥中展現了與夥伴配合的一面。眾人與勾魂眼告別後，繼續踏上前往武鬥道館的修行之路。