緣之市的偶遇與急躁的少年
小智、小光與小剛終於回到了緣之市，準備前往緣之道館挑戰館主梅麗莎。就在小智興沖沖地衝向道館門口時，不小心與一名同樣急躁的少年阿馴相撞。阿馴個性極其冒失且充滿活力，他不但對撞在一起的小智大喊要「罰錢」，還在匆忙中掉落了徽章盒。隨後，道館館主梅麗莎現身，告訴小智這位少年（阿馴）剛與她進行過道館賽，雖然實力不俗但最終敗北。由於梅麗莎的寶可夢需要休息，小智的道館挑戰賽被安排在隔天舉行。
火箭隊的偽裝陷阱與阿馴的實力
在寶可夢中心，小智將拾獲的徽章盒歸還給阿馴。阿馴自稱是真司的崇拜者，並提到了小智在緣之大會上與真司搭檔的事。此時，火箭隊三人組偽裝成「寶可夢寄放處」企圖大量竊取寶可夢，阿馴也不慎將自己的寶可夢託付給了他們。在梅麗莎的陪同下，眾人揭穿了火箭隊的陰謀。戰鬥中，阿馴派出了強大的帝王拿波，展示出驚人的實力。有趣的是，戰鬥期間阿馴提到他在百代道館見過菜種使用的刺球仙人掌（原為小次郎的寶可夢）學會了吸取拳，這讓感性的小次郎感動不已。最後在眾人合力下，成功擊碎了火箭隊的野心。
信念的衝突！小智對戰阿馴
擊敗火箭隊後，小智與阿馴針對培育寶可夢的方法產生了分歧。阿馴嚮往真司式的快速致強，而小智則堅信與寶可夢心靈相通才是最重要的。兩人隨即展開一場三對三的非正式對戰。第一場由小智的小火焰猴對抗阿馴的姆克鷹，小火焰猴利用挖洞戰術巧妙取勝；第二場阿馴派出羅絲雷朵擊敗體力透支的小火焰猴，隨後與小智的天蠍王戰成平手，雙方同時失去戰鬥能力。
最終決勝與道館戰的前奏
最後的決勝局，由小智的皮卡丘對戰阿馴的王牌帝王拿波。儘管屬性上皮卡丘佔優，但帝王拿波憑藉強大的破壞光線與鋼翼陷入苦戰。最終，皮卡丘在小智的激勵下，以強力的十萬伏特結合伏特攻擊，成功擊敗了帝王拿波。雖然阿馴對輸掉比賽感到不甘心，但他也對小智的實力產生了認可，並約定隔天會親自觀看小智與梅麗莎的道館挑戰賽，見證第五枚徽章的爭奪戰。