以太樂園的變故與決心
在以太樂園發生的動亂中，露莎米奈代表為了保護莉莉艾與格拉吉歐，不幸被究極之獸抓走並帶入了究極之洞。目睹母親失蹤的莉莉艾悲痛萬分。與此同時，小星雲在釋放強大力量後變成了外殼堅硬且一動不動的狀態（科斯莫姆）。芭內特博士表示究極之洞的傳送裝置受損，修復需要時間。格拉吉歐認為這是家族內部的問題，打算獨自去尋找拯救母親的方法，但莉莉艾展現出前所未有的決心，換上輕便的服裝，決定與哥哥一同前往傳說中的地點。
探尋傳說的線索
小智與學校的夥伴們發現莉莉艾與格拉吉歐失蹤後，非常擔心他們的安危。在庫庫伊博士與管家詹姆斯的引導下，眾人前往美樂美樂島的島嶼之王哈拉處尋求幫助。哈拉向大家介紹了阿羅拉地區流傳已久的索爾迦雷歐傳說，並提到索爾迦雷歐擁有撕裂天空的力量。根據哈拉的指點，眾人推測莉莉艾兄妹可能前往了位於波尼島的「日輪祭壇」。在芭內特博士與詹姆斯的協助下，小智一行人搭乘快艇趕往波尼島，希望能與莉莉艾會合並共同戰鬥。
祭壇之徑的嚴峻考驗
莉莉艾與格拉吉歐抵達了通往祭壇的峽谷。在路途中，他們遇到了一群心鱗寶與鱗甲龍，以及體型巨大的「霸主寶可夢」杖尾鱗甲龍。面對強大的對手，格拉吉歐派出了銀伴戰獸迎戰。莉莉艾雖然感到不安，但仍冷靜分析出對方的屬性弱點，指揮冰六尾「白晃晃」使用細雪封鎖地面，為哥哥創造進攻路徑。格拉吉歐聽從莉莉艾的建議，利用妖精記憶碟將銀伴戰獸轉變為妖精屬性，最終成功擊倒了杖尾鱗甲龍，展現出兄妹兩人的默契配合。
守護神現身與新的希望
就在莉莉艾與格拉吉歐準備進入祭壇中心時，小智與其他同伴及時趕到。小智以阿羅拉地區「分享」的精神說服了格拉吉歐，讓他明白大家願意共同分擔這份困境。格拉吉歐深受感動，接受了同伴們的援助。當眾人一同踏上日輪祭壇的階梯時，阿羅拉地區的四位守護神：卡璞・鳴鳴、卡璞・蝶蝶、卡璞・哞哞與卡璞・鰭鰭竟同時現身在眾人面前。這場史無前例的守護神齊聚，預示著拯救露莎米奈的關鍵即將揭開。