前往全新的冒險舞台：合眾地區
目標成為寶可夢大師的小智，與搭檔皮卡丘跟隨著大木博士，以及受邀一同旅行的媽媽花子，搭乘飛機來到了遙遠的「合眾地區」。在飛機上，一直對世界各地的強大寶可夢虎視眈眈的火箭隊三人組——武藏、小次郎與喵喵，也正策劃著要在這個新地區建立據點，並再次對皮卡丘展開捕獲行動。
捷克羅姆現身與皮卡丘的異變
當飛機抵達合眾地區的港口時，天空突然出現了巨大的黑色雷雲，強大的電氣能量讓周圍的電子設備陷入混亂。小智在雷雲中隱約看見了一隻神祕的巨大寶可夢影象，那正是合眾地區傳說中的寶可夢「捷克羅姆」。捷克羅姆降下的強大雷擊擊中了皮卡丘，導致皮卡丘體內的電氣能量出現超載與異常波動。雖然港口的電力隨後恢復，但這場意外卻為皮卡丘留下了後遺症。
紅豆杉研究所與新人訓練家修帝
眾人抵達鹿子鎮的紅豆杉研究所，由合眾地區著名的紅豆杉博士進行接待。在那裡，小智見到了許多合眾地區特有的寶可夢，如豆豆鴿、四季鹿與探探鼠。隨後，一位名叫修帝的新人訓練家來到研究所領取他的第一隻寶可夢。修帝對出身關都地區的小智表現出冷淡且略帶傲慢的態度。在看過紅豆杉博士提供的三隻最初夥伴後，修帝選擇了草系的藤藤蛇作為搭檔。
慘敗的首場對戰與失去的電力
為了測試彼此的實力，小智與修帝展開了寶可夢對戰。小智派出皮卡丘對戰修帝的藤藤蛇，然而在對戰過程中，小智驚覺皮卡丘完全無法使出「十萬伏特」與「伏特攻擊」等電氣系招式，僅能使用「電光一閃」與「鐵尾」。修帝趁機指揮藤藤蛇以「草旋風」等招式徹底壓制皮卡丘，最終小智在合眾地區的首場戰鬥以慘敗告終。紅豆杉博士對皮卡丘進行檢查後判斷，皮卡丘是因為受到捷克羅姆的影響產生了「超載」，才導致無法順利釋放電力。故事最後，神祕的雷雲再次出現在研究所上方，小智與皮卡丘在合眾地區的冒險就在重重迷霧與不安中揭開了序幕。