究極守護者正式出動
在阿羅拉地區的寶可夢學校，正當小智與夥伴們如往常般上課時，歐基德校長突然連續敲響緊急鐘聲，宣布「究極守護者」接獲了首次的緊急出動要請。透過祕密地下基地，小智一行人聯繫上了以太基金會的露莎米奈代表。露莎米奈正式向大家說明，他們的任務是捕捉誤闖阿羅拉地區的「究極異獸」，並將其送回原本的世界，以保護阿羅拉的自然環境與和平。
目標：膨脹寶可夢「爆肌蚊」
本次任務的目標是出現在美樂美樂島的一隻名為「爆肌蚊」的究極異獸。這隻寶可夢擁有極其發達的肌肉，甚至能一擊粉碎油罐車。碧珂與芭內特博士解釋，究極異獸也是寶可夢的一種，目前的破壞行為多半是出自於對陌生地環境的恐慌。小智一行人換上特製制服，並在皮可西的協助下領取了專門捕捉究極異獸的「究極球」，隨即分別騎乘著烈咬陸鯊、金屬怪、沙漠蜻蜓、哈克龍、七夕青鳥與噴火龍，喊著口號「究極極了（Ultra-ger）」正式出動。
肌肉的共鳴與特殊的對戰
爆肌蚊在森林中展現出驚人的怪力，甚至曾與強大的穿著熊短暫對峙。當小智抵達現場時，發現爆肌蚊正在襲擊一隻卡比獸，將卡比獸吸吮得消瘦無力。瑪奧與水蓮趕緊使用「全復藥」與樹果幫助卡比獸恢復體力，而小智則帶領皮卡丘與爆肌蚊展開對戰。有趣的是，小智發現爆肌蚊非常喜歡展示肌肉（健美動作），於是小智與卡奇也跟著爆肌蚊一起擺出各種健美姿勢，現場竟然演變成一場奇特的「肌肉溝通」，現場氣氛變得十分歡樂。
任務達成：回歸異世界
趁著爆肌蚊沉浸在展示肌肉的樂趣並放下戒心時，小智投出了究極球，成功將其捕捉，達成了首次任務。隨後，在芭內特博士與庫庫伊博士設置的傳送裝置下，小智將爆肌蚊從究極球中放出，大家與爆肌蚊進行了最後的肌肉姿勢道別，目送牠穿過究極之洞回到原本的世界。任務圓滿成功後，露莎米奈代表對大家表示高度讚賞。然而，在眾人未察覺的角落，一隻神祕的寶可夢「毒貝比」正悄悄觀察著皮卡丘，為後續的冒險埋下伏筆。