抵達金黃市與火箭隊的陷阱
小智、小霞與小剛在前往金黃市的途中迷了路，正當小智與小霞為了誰該負責而爭論不休時，一名神祕少女突然出現，並引導他們看向山坡下的金黃市。進入市區後，三人立刻落入火箭隊偽裝的「百萬人觀光紀念」陷阱，皮卡丘被搶走且三人被困在沒有門窗的密閉房間。此時，先前出現的神祕少女再次現身，她施展強大的超能力制服了武藏和小次郎，救回皮卡丘並將小智一行人瞬間移動到道館門外。
金黃道館的挑戰與凱西的進化
在道館門口，一名神祕男子警告小智，若沒有心理準備就不要挑戰金黃道館，但一心想拿到黃金徽章的小智不聽勸告。進入道館後，三人看到許多學員正在練習彎曲湯匙等超能力開發。小智向館主娜姿提出挑戰，娜姿懷中抱著一名神祕少女（娃娃），並要求小智若輸了就要陪她玩。比賽開始，娜姿派出正在睡覺的凱西對戰皮卡丘。凱西在戰鬥中不斷使用瞬間移動躲避攻擊，甚至在比賽中直接進化成勇吉拉，展現出驚人的精神實力。
超能力的徹底壓制
進化後的勇吉拉實力大幅提升，不僅能輕易彈開皮卡丘的電擊，更使用念力完全操控了皮卡丘的身體，強迫它在場上跳舞。小智見皮卡丘毫無還手之力且即將受重傷，不得不宣布棄權投降。然而，娜姿並未就此罷手，她發動超能力將小智三人傳送到一個巨大的模型屋（洋娃娃之家）中，三人的身體被迫縮小，成為了娜姿的玩伴。正當娜姿要用巨大的球體壓碎三人時，先前的神祕男子再次現身，使用瞬間移動將他們救回現實世界的街道。
尋找對抗超能力的希望
神祕男子告訴小智，娜姿是個極其危險且擁有天生超能力天賦的訓練家，單憑根性或普通寶可夢是無法取勝的。男子測試了小智的體適能後，告訴他若想贏得黃金徽章，唯一的辦法就是前往紫苑鎮，去收服超能力寶可夢唯一的剋星——幽靈系寶可夢。為了救回皮卡丘的尊嚴並挑戰成功，小智決定採納建議，暫時告別金黃市，朝著陰森的紫苑鎮出發。