巴大蝶的戀愛季節
小智、小霞與小剛在前往金黃市的途中，行經懸崖邊時目睹了成群的巴大蝶在海面上飛舞。小剛解釋說，現在正是巴大蝶尋找伴侶並準備橫渡大海產卵的季節。為了讓自己的巴大蝶也能順利繁衍後代，小智決定放手讓牠去尋找真愛。
初次的告白與挫折
眾人租借了熱氣球來到巴大蝶聚集的上空。小智的巴大蝶很快便對一隻全身粉紅色的巴大蝶一見鍾情，並跳起了求愛之舞。然而，粉紅色的巴大蝶對牠的追求毫無反應，甚至還給了牠一記耳光後離去。深受打擊的巴大蝶躲進森林中垂頭喪氣，小智和小霞等人則紛紛出謀劃策，教導巴大蝶要展現強大的一面，小剛還貼心地為牠戴上黃色圍巾打扮，鼓勵牠再次挑戰。
火箭隊的突襲
正當巴大蝶再次向粉紅巴大蝶展現英姿時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵駕駛著直升機出現，並利用巨大的網子將海域上所有的巴大蝶一網打盡，其中也包括了那隻粉紅巴大蝶。小智的巴大蝶雖然奮力抵抗，卻無法阻止火箭隊帶著獵物離去。隨後，小智一行人追蹤巴大蝶留下的訊息，找到了火箭隊隱藏的基地。
勇敢的救援與成全
在基地中，小智的巴大蝶為了救出心愛的夥伴與同類，展現了驚人的勇氣，不斷用身體衝擊堅固的籠子。在皮卡丘的協助下，眾人合力擊敗了火箭隊，讓所有巴大蝶重獲自由。看著巴大蝶為了同伴不顧性命奮鬥的模樣，粉紅巴大蝶終於被深深感動，主動向牠跳起了求愛舞，兩隻巴大蝶最終結成了伴侶。
淚水的告別
夕陽西下，到了巴大蝶必須啟程橫渡大海的時刻。儘管內心充滿萬分不捨，小智回想起與巴大蝶從綠毛蟲時期開始相處的一點一滴，明白這是為了牠的幸福著想。在淚光閃爍中，小智揮手與巴大蝶作最後的告別，目送著牠與伴侶消失在海平線的彼端。這場離別不僅是巴大蝶的新起點，也象徵著小智作為訓練家在心靈上的成長。