火箭隊的日常挫敗與生存危機
故事開端於火箭隊三人組——武藏、小次郎與喵喵正陷入深深的自我懷疑中。一週前，他們在枯葉市的一家零件工廠辛苦打零工籌措活動經費。正好遇見了小智、小豪與皮卡丘，火箭隊決定發動攻擊。他們使用了火箭隊本部的「秘密式坂木老大微笑扭蛋機」，卻抽到了懶人寶可夢懶人獺與請假王。這兩隻寶可夢在戰鬥中只顧著使用「偷懶」招式，最終被小智的路卡利歐與小豪的閃焰王牌擊飛。
追隨大嘴鷗的奇幻漂流
接連的失敗讓他們感到精疲力竭，更害怕面對真鳥長官無止盡的說教與檢討報告。武藏三人決定追趕負責運送扭蛋機的大嘴鷗，打算向本部的扭蛋負責人投訴。在追逐過程中，他們遭遇了青綿鳥的龍息攻擊，掉入海中並意外被一隻巨大的吼鯨王吞入腹中。在吼鯨王體內，他們遇到了一隻長期生活在此的噪鳥。為了逃離，他們強行拉開大嘴鷗的嘴巴觸發扭蛋機，幸運地被傳送到了一片冰雪地帶。
昔日對手的退隱與小次郎的離隊
在雪地中，武藏等人找到了一間溫馨的咖啡店，意外發現店主竟然是曾經的火箭隊精英成員亞瑪多。亞瑪多透露自己早已厭倦了火箭隊的任務與檢討生活，現在正享受著木雕與經營咖啡店的平靜日子。小次郎在協助亞瑪多製作瓶蓋木雕時，找到了久違的快樂與成就感。武藏與喵喵看在眼裡，雖然不捨，但為了小次郎的幸福，決定留下他獨自繼續追逐大嘴鷗。
小三郎的轉職與喵喵的道別
武藏與喵喵隨後流浪到了大陸的盡頭，在飢寒交迫之際被一陣麵包香氣吸引。在那裡，他們遇見了同樣退出組織的小三郎，他現在是一名技術高超的麵包師傅。喵喵在這裡遇到了一隻讓他一見鍾情的女性喵喵，並發現這裡的生活非常溫暖。武藏為了成全喵喵，再次選擇獨自離開。武藏在孤獨的旅途中遭遇遇難危機，就在她以為一切都將結束時，小次郎與喵喵竟然再次出現在她身邊。
回歸本心，火箭隊才是人生
原來小次郎因為莫魯貝可吃光了店裡的食物而被亞瑪多趕出來，而喵喵則發現心儀的對象早已心有所屬。三人組在經歷了短暫的分離與轉職嘗試後，意識到無論運氣好壞，彼此相伴並執行火箭隊的任務才是他們真正的生命歸宿。他們再次找上小智與皮卡丘，華麗地背誦出經典台詞。雖然最終還是被皮卡丘的十萬伏特擊飛，但這次他們卻是帶著笑容消失在天邊，深刻體會到「禍兮福所倚，福兮禍所伏」的人生真諦。