抵達扇貝貝島與大賽開幕
小智、艾莉絲與天桐在搭乘郵輪前往關都地區的航程中，從乘務員帕克口中得知，下一個停靠點是著名的「扇貝貝島」。這座島嶼由大量貝殼堆積而成，且每年都會舉辦「扇貝貝王決定戰」，聚集了各地優秀的水水獺與雙刃丸。小智的水水獺看到美麗的「扇貝貝后」水水子後，立刻陷入情網，為了與水水子成為伴侶，小智決定帶領水水獺參加這場大賽。
強敵現身與各項競技
抵達島後，小智遇到了自大的訓練家庫瓦特羅，他派出了號稱接受過「帝王學」教育的強大雙刃丸「凱撒」。大賽由竹光擔任實況，評審則包括肯羅喬與喬伊小姐。比賽項目包含品評扇貝貝色澤美感的「品評會」、考驗投擲準度的「扇貝貝投擲賽」、以及用扇貝貝擊碎瓦片的「瓦片破壞賽」。水水獺雖然過程驚險，但仍憑藉著鬥志成功晉級至前三強。
火箭隊的陰謀與表演賽
火箭隊三人組為了竊取純金獎品，讓喵喵偽裝成「雙刃丸」參賽，並利用科技遙控裝置與強化塑料扇貝貝在比賽中作弊。然而，在表演賽環節中，偽裝成雙刃丸的喵喵因為扇貝貝飛走而露餡，身份揭穿後，火箭隊試圖武力奪取金扇貝貝，最終被皮卡丘的十萬伏特擊飛，結束了這場鬧劇。
巔峰對決：水水獺對戰凱撒
最後的決賽由小智的水水獺對決庫瓦特羅的凱撒。身為進化型的凱撒不僅體型優勢明顯，還能熟練運用二刀流的「貝殼刃」。水水獺在力量對拼中一度處於劣勢，但小智與水水獺展現了極高的默契，在承受多番重擊後依然屹立不倒，最後水水獺以充滿氣勢的絕招反擊，成功擊潰凱撒，贏得了「扇貝貝王」的榮譽與純金扇貝貝。
離別的危機與反轉結局
正當小智為勝利慶祝時，主辦方卻宣佈冠軍必須留在島上一整年與后組成伴侶並守護島嶼。小智雖然心痛，但為了尊重水水獺對水水子的愛，含淚決定讓水水獺留在島上。然而驚人的轉折發生了，水水子其實早就心儀於凱撒，並拒絕了水水獺。水水獺在深受打擊之下，胸前的扇貝貝竟然意外碎裂。根據規章，扇貝貝損毀等同取消資格，冠軍頭銜最終改由凱撒遞補，水水獺也因此能繼續跟隨小智旅行。雖然失戀了，但水水獺很快又被其他的寶可夢吸引，恢復了往日的活力，一行人繼續展開新的冒險。