與黏美龍的告別與新的威脅
故事開始於濕地帶，小智與長期共同作戰的夥伴黏美龍依依不捨地告別。就在眾人準備返回密阿雷市，為卡洛斯地區的旅程劃下句點之際，小智與甲賀忍蛙同時感應到一股不尋常的氣息。突然間，地面冒出了巨大的紅色植物，這與之前閃焰團引發的災害極為相似。小智與甲賀忍蛙迅速進入「小智版甲賀忍蛙」形態，憑藉甲賀忍蛙特殊的感官，他們精準地發現並摧毀了植物核心內部的紅色光球，暫時平息了騷動。
克洛希次的野心與希特隆的機智
閃焰團殘黨幹部克洛希次突然現身，他利用先進科技捕捉了基格爾德的細胞，企圖重組「新閃焰團」來實現弗拉達利的野心。克洛希次擄走了希特隆，打算利用洗腦光束將其改造為受控的「強化人類」。然而，希特隆在被捕期間展現了出色的發明家智慧，他假裝受控，實則利用預先製作的電波干擾裝置「干擾1號」成功反擊，並向克洛希次宣告科學不應被用於邪惡。最終，在小智與甲賀忍蛙的配合下，眾人擊潰了克洛希次的寶可夢，並由君莎小姐將其逮捕，閃焰團的餘孽徹底瓦解。
基格爾德的請求與甲賀忍蛙的使命
事件結束後，小軟（基格爾德核心）再次出現在眾人面前。基格爾德透過心靈感應告知小智，卡洛斯地區地底仍殘留著大量的負能量根源，若不清除，災難將再次發生。由於甲賀忍蛙擁有看穿這些負能量位置的特殊能力，基格爾德正式請求甲賀忍蛙與其同行，共同守護卡洛斯地區。小智深思後意識到，甲賀忍蛙與自己的相遇以及獲得強大力量，或許正是為了在這個時刻拯救世界。
深刻的連結與最後的告別
面對守護世界的重任，小智雖然不捨，但仍選擇支持甲賀忍蛙。他感性地表示，即使雙方分隔兩地，彼此內心的連結也絕對不會斷裂。在與皮卡丘、哈力栗及所有夥伴深刻道別後，甲賀忍蛙與小軟以及另一名基格爾德核心踏上了新的征程。小智一行人目送這位英雄離去，雖然離別令人寂寞，但這也象徵著新的出發，旅程即將進入最終章。