抵達波普里島與定向越野賽的開幕
小智一行人在前往梅塔里卡島「對戰宮殿」的旅途中，來到了充滿自然氣息的波普里島。在那裡的寶可夢中心，喬伊小姐向他們介紹了島上定期舉辦的「寶可夢定向越野賽」。這是一項參賽者必須與搭檔寶可夢合作，跑遍地圖上五個標記地點（如虹之瀑布、樹齡300年的巨木、月之岩等）並集滿印章，最後比拼抵達終點速度的比賽。優勝者將獲得「寶可夢友好王獎牌」以及島上特產的水果作為獎勵。
聽聞比賽後，小智與皮卡丘、小遙與伊布、小剛與盆才怪、以及向姐姐借用小卡比獸的小勝紛紛決定參賽。此外，火箭隊的小次郎也與魔尼尼搭檔參加，而武藏和喵喵則暗中計劃透過妨礙其他參賽者，來幫助小次郎奪冠，甚至想趁機竊取獎品。
比賽中的挑戰與火箭隊的妨礙
比賽開始後，參賽者們各顯神通。小智帶領皮卡丘挑戰險峻的近路，小剛則發揮培育家的耐心帶著盆才怪穩步前行。小遙與小勝則在比賽中互相競爭，試圖比對方更早集滿印章。然而，武藏和喵喵在賽道上設置了許多卑鄙的陷阱，包括偽造路標、挖設陷阱以及破壞吊橋。小遙和小勝在爭先恐後的過程中，不幸因為吊橋斷裂而墜落峽谷，危急時刻小智與小剛趕到，聯手將兩人救起。
就在眾人稍作喘息時，小智的大王燕飛來通報緊急狀況：武藏和喵喵眼見妨礙計劃進展順利，竟決定直接前往空無一人的寶可夢中心，企圖偷走所有的獎品水果以及寄放在那裡的幼年寶可夢。小智一行人立刻意識到事態嚴重，決定放棄比賽優先救人。
激戰寶可夢中心與意外的優勝者
趕到寶可夢中心後，小智與夥伴們及時阻止了正在搬運水果與寶可夢的武藏和喵喵。小智派出頓甲對抗武藏的毒粉蛾，頓甲以強力的「突進」和「破壞光線」將火箭隊徹底擊飛，成功守護了島上的寶可夢。雖然比賽因為這場騷動而變得混亂，但喬伊小姐在終點宣佈，唯一一組憑藉誠實努力、避開所有陷阱並集滿印章回到終點的是化名參賽的小次郎與魔尼尼。
小次郎如願獲得了象徵與寶可夢深厚情誼的「友好王獎牌」，深受感動。他主動將副獎的水果送給了幫忙奪回物資的小智一行人，展現了溫暖的一面。雖然小智等人未能奪冠，但與搭檔共同努力的過程讓他們感到十分充實。最後，小遙得知島另一邊的木賊鎮即將舉辦寶可夢華麗大賽，決定前往參加，繼續她的緞帶勳章之旅。