偶遇傳信波波與波波屋
小智、小霞與小剛在前往緣朱市的旅途中，目睹一隻波波正受到大嘴雀的瘋狂攻擊。小智見狀立刻派出了貓頭夜鷹，利用催眠術成功化解危機，救下了這隻受傷且正攜帶包裹的波波「阿健」。隨後，他們遇到了前來尋找波波的少年「渡」，並得知這隻波波是專門負責在交通不便的小島間運送書信與物資的「傳信波波」。眾人隨後跟隨渡來到了由其祖父傳次郎經營的「波波屋」。
夕陽產業的困境與爺爺的苦心
傳次郎爺爺是一位資深的波波快遞達人，他透過小型飛行船親自訓練波波識別航線。然而，傳次郎卻打算在自己這一代結束波波屋的經營，並反對孫子渡接手。他認為在電子郵件發達的現代，傳信波波已漸漸落伍，且這份工作不論風雨都必須守候波波歸來，甚至要與波波同睡，他不希望孫子承受這種艱辛。儘管如此，渡依然表現出對波波的深厚感情，希望能繼承這份守護郵務的使命。
火箭隊的陰謀與煙霧陷阱
此時，沖野島的神奇寶貝中心傳來消息，原本該抵達的藥品包裹遲遲未到。小智一行人決定協助渡與波波阿健一起去調查。原來，火箭隊為了大賺一筆，盯上了這些訓練有素的傳信波波，並利用機械裝置與製造濃煙的「雲雲3號」將路過的波波們悉數擄走。渡駕駛著小型飛行船，在貓頭夜鷹與波波阿健的感應引導下，終於在濃煙中發現了火箭隊的蹤跡。
貓頭夜鷹與波波的絕妙反擊
面對火箭隊武藏的阿柏怪攻擊，小智指揮貓頭夜鷹施展催眠術。強大的催眠效果讓火箭隊陷入幻覺，誤以為自己正在大發神威，實際上卻是原地踏步。渡與波波阿健趁隙潛入火箭隊的氣球中，救出了所有受困的波波。在計畫被識破後，憤怒的波波群集體衝擊火箭隊，配合皮卡丘的十萬伏特，將火箭隊再次送向遠方的天空。
傳承的開始與新的旅程
最終，醫療物資被順利送達喬伊小姐手中，解決了島上的燃眉之急。傳次郎爺爺透過電話得知了渡的英勇表現與波波們的平安，深受感動。他看著渡與波波阿健之間那種「超越語言的默契」，終於放下成見，正式認可渡為波波屋的二代傳承者，並答應開始對他進行嚴格的修業。小智一行人在見證了這段傳統產業的接棒後，也告別了渡與爺爺，繼續向著緣朱市前行。