重逢與消防大賽的挑戰
小智一行人在前往滿金市的旅途中，來到了一座城市的寶可夢中心。小智在那裡與大木博士通話，決定將赫拉克羅斯留在研究所觀察，並換回在肯泰羅對戰中表現出色的肯泰羅。隨後，他們從喬伊小姐口中得知即將舉行一場名為「寶可夢消防大賽」的競技活動，這是一場由水屬性寶可夢消防隊大顯身手的盛會。熱血沸騰的小智決定組隊參賽，除了自己的傑尼龜，還向小霞借了可達鴨與海星星湊足參賽名額。
傑尼龜軍團的現身與危機
在賽場附近，小智意外見到了久違的君莎小姐，以及他曾經的夥伴——傑尼龜軍團。當年的頑皮傑尼龜們如今已成為正式的消防志願隊。然而，這群傑尼龜在見到強大的明星隊伍「卡梅龜隊」後感到非常自卑與緊張，導致在練習時表現得亂七八糟。與此同時，火箭隊也盯上了賽場中眾多優秀的水屬性寶可夢，暗中計畫展開奪取行動。
混亂的預賽與領袖的回歸
大賽正式開幕。第一場比賽中，小智隊伍因為可達鴨在場上不知所措，拖累了整體節奏，最終輸給了臭臭泥隊。接著輪到傑尼龜軍團對戰哥達鴨隊，軍團成員們因為過度緊張而無法發揮實力。眼看即將落敗，小智派出了自己的傑尼龜前去引導。在昔日老大的帶領下，傑尼龜軍團重拾默契與信心，展現出驚人的配合能力，最終反敗為勝進入決賽。
火箭隊的突襲與英勇救援
就在比賽進行到一半時，火箭隊駕駛著巨型機器人「消防員大帝2號」闖入賽場，企圖捕捉皮卡丘和所有消防寶可夢。面對機器人的強力威脅，傑尼龜軍團展現了他們平日訓練的素養，發揮完美的團隊合作，分散機器人的注意力。最後由小智的傑尼龜與皮卡丘聯手使出強力攻擊，成功擊飛火箭隊，守護了會場的安全，並贏得全場觀眾的喝采。
決賽對決與感傷的別離
比賽恢復後，傑尼龜軍團在決賽中對上實力強勁的卡梅龜隊。這是一場包含消火與救援人偶的複合競技，雙方實力旗鼓相當，最終傑尼龜軍團以僅僅一秒之差險勝，奪得優勝。看著傑尼龜軍團在傑尼龜的帶領下展現出最耀眼的一面，小智意識到夥伴們依然非常需要傑尼龜。為了讓傑尼龜軍團能成為更優秀的消防隊，小智忍痛決定讓傑尼龜離隊回到軍團擔任隊長。雖然充滿不捨，但小智與傑尼龜約定彼此都要變得更強，在夕陽下完成了感人的告別。