惡作劇的傑尼龜軍團
在收服了妙蛙種子與小火龍後，正當小智意氣風發地朝著成為世界第一寶可夢大師的目標前進時，一行人卻意外掉進了路中央的陷阱。隨後，一群戴著墨鏡的「傑尼龜軍團」現身，對著小智等人冷嘲熱諷。正當小智準備派出皮卡丘迎戰時，當地的警察君莎小姐出現，傑尼龜軍團隨即落荒而逃。君莎小姐向小智解釋，這群傑尼龜曾是被訓練家拋棄的寶可夢，因為不再信任人類，才聚集在一起到處惡作劇，讓鎮民們頭痛不已。
火箭隊的陰謀與皮卡丘的傷勢
火箭隊的喵喵在森林中被傑尼龜軍團抓住，但狡猾的喵喵利用謊言欺騙了傑尼龜領袖，宣稱武藏和小次郎是牠的手下，並指使軍團抓捕小智一行人。在隨後的交戰中，皮卡丘被小霞的角金魚意外誤傷，傷勢嚴重且急需特效傷藥。小智向傑尼龜領袖苦苦哀求，希望能讓他去鎮上的商店買藥。傑尼龜領袖在喵喵的挑唆下，提出如果小智沒能在明天中午前趕回來，就要對小霞實施「死刑」（雖然實際上只是軍團的一種嚇唬手段）。
小智的拼命奔走與及時回歸
小智不顧自身安危，連夜在崎嶇的山路與河川中奔走，途中甚至多次跌倒受傷。與此同時，武藏和小次郎闖入鎮上的商店奪取大量火藥，準備將傑尼龜軍團與小智一行人一網打盡。小智在商店門口遇到了君莎小姐，在她的協助下買到了藥並抄近路趕回。當小智回到山洞時，發現小霞與小剛平安無事，他立刻為皮卡丘上藥，讓皮卡丘脫離了生命危險。
捨身保護與軍團的轉變
火箭隊此時搭乘氣球出現，並投下大量炸彈發動無差別攻擊。在混亂中，傑尼龜領袖因為翻過身來無法動彈，眼看炸彈就要落在牠身邊，小智奮不顧身地撲上去將傑尼龜領袖保護在懷中。傑尼龜領袖深受感動，不僅發動水槍擊退了火箭隊，更在小智的引導下，帶領軍團成員共同使用水槍熄滅了因炸彈引發的森林大火，成功拯救了小鎮。
成為消防隊與新的夥伴
君莎小姐為了表彰傑尼龜軍團救火有功，特別頒發感謝狀並正式任命牠們為小鎮的消防志願隊，軍團成員們也重新找回了被需要的感覺。當小智一行人準備啟程離開時，傑尼龜領袖脫下了墨鏡，獨自追上小智，表達了想跟隨他一起旅行的意願。小智高興地接納了這位新夥伴，成功收服了傑尼龜，一行人的旅程將繼續前進。