前往伽勒爾地區的化石調查
小智、小豪與小春受到櫻木博士及科學博物館館長的委託，前往伽勒爾地區的曠野地帶進行稀有化石的發掘調查。在曠野地帶，小豪展現了極高的收服積極性，先是收服了一隻地幔岩。隨後，眾人遇見了兩位性格古怪的研究員——魯莽與茂詩，並加入他們的發掘行列。經過一番努力，眾人挖出了鳥化石、魚化石、龍化石與海獸化石等碎片。
混亂的復原與野外露營
魯莽與茂詩對於古代寶可夢的形態有著獨特的假說，他們不顧傳統常識，將不同種類的化石強行組合成奇特的搭配，並放入化石復原裝置中。在等待復原的數小時中，大家決定在戶外露營並製作著名的「伽勒爾咖哩」。雖然過程中魯莽因為冒失將巧克力與鮮奶油等意外食材加入鍋中，卻意外做出了美味的「特製鮮奶油咖哩」，讓眾人大飽口福。
奇特的化石寶可夢誕生
化石復原完成後，兩隻前所未見的寶可夢誕生了：分別是龍化石與魚化石組成的「鰓魚龍」，以及鳥化石與海獸化石組成的「雷鳥海獸」。這兩隻寶可夢外型雖然不協調且行為失控，鰓魚龍甚至咬住小智不放並在陸地上狂奔，雷鳥海獸則不斷放電與凍結四周。小智、小豪與小春合力應對，利用皮卡丘、閃焰王牌及地幔岩的力量，終於讓這兩隻受驚的古代寶可夢冷靜下來。
新的夥伴與冒險的總結
研究員魯莽與茂詩在取得必要的資料後，決定將這兩隻活生生的化石寶可夢託付給小智與小豪。最終，小智收服了充滿活力的鰓魚龍，小豪則收服了雷鳥海獸。小春則將這次驚險又有趣的經歷寫成報告，代替學校課程，並深深感受到了與寶可夢共同冒險的樂趣。一行人帶著新的夥伴，圓滿完成了這次的化石調查任務。