跑腿任務的開端
故事從枯葉市的寶可夢中心開始。小智、小豪與小春幫櫻木所長跑腿領取營養藥品，然而小豪的敲音猴與小春的伊布在中心內非常調皮，引發了兩位訓練家對於「誰的寶可夢比較乖巧聰明」的爭論。為了證明自己的寶可夢有能力獨當一面，小智提議讓敲音猴與伊布獨自完成從寶可夢中心回到櫻木研究所的跑腿任務。
悄悄地全力支援
雖然說是獨自跑腿，但小智、小豪與小春因放心不下，決定在不被發現的情況下悄悄跟在後頭。跑腿途中，好奇心旺盛的敲音猴多次被路邊的小拳石與地穴吸引而偏離路線，甚至帶領伊布亂跑。為了讓任務順利進行，小智派出耿鬼利用「精神強念」暗中引導牠們回到原本的道路上。隨後，在面臨寬闊的馬路挑戰時，小智又派出蔥遊兵暗中保護，確保牠們平安穿過馬路。
火箭隊與大嘴鷗的意外插曲
另一邊，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵正在進行特訓。他們利用扭蛋機抽到了豐蜜龍與迷你冰，因為看到這兩隻寶可夢聯想到美食，便計畫享用香草冰淇淋配熱蘋果派。他們派出大嘴鷗去買冰淇淋，沒想到大嘴鷗卻在途中完全忘記目標，只顧著看地圖。火箭隊為了吃到甜點，不得不親自偽裝成攤販，強行將冰淇淋「賣」給路過的大嘴鷗，這才讓大嘴鷗順利帶回配料。
成長的第一次跑腿
在前往研究所的最後一段斜坡，伊布與敲音猴遭遇了擋路的卡比獸，雖然發生了許多小插曲，但牠們最終展現了默契與毅力。伊布率先抵達並將藥品叼進實驗室，而敲音猴也在小豪暗中的加油聲下成功完成任務。這場「第一次跑腿」不僅讓敲音猴與伊布獲得了成長，也讓小豪和小春對自己的寶可夢有了更多的信心，任務在溫馨的氣氛中圓滿結束。