阿馴的緊急求助與鋼鐵島的異變
在結束了水脈道館的挑戰後，小智、小光與小剛正準備搭船前往下一個華麗大賽的地點木通鎮。然而，小智突然接到好友阿馴的求救電話，得知他在鋼鐵島修行時，搭檔寶可夢帝王拿波突然變得焦躁不安且不聽指令，甚至連島上其他的鋼鐵屬性寶可夢也紛紛陷入發狂狀態。感到事態嚴重的眾人，決定立刻更改行程，動身前往鋼鐵島一探究竟。
亞玄與路卡利歐的現身
抵達鋼鐵島後，眾人從喬伊小姐處得知，這種異常現象僅發生在鋼鐵屬性寶可夢身上。小智在島上試圖阻止一隻狂暴的可多拉時，差點遭到強大的波士可多拉攻擊，所幸一位名叫亞玄的訓練家與他的路卡利歐及時出現，利用強大的「波導」力量平息了紛爭。亞玄解釋，島上正瀰漫著一種針對鋼鐵屬性的特殊低周波，干擾了寶可夢們的感官，而路卡利歐是因為能運用波導之力包裹全身，才得以暫時維持自我意識。
銀河隊的陰謀與遺跡挖掘
與此同時，火箭隊在追蹤小智的途中也遇見了阿馴，並意外發現了銀河隊幹部夥星及其部下的蹤跡。銀河隊在島上發現了一座神祕的金屬遺跡，正利用特殊機械進行強行掃描，而這台機械正是發散低周波、導致島上寶可夢痛苦發狂的元兇。火箭隊與阿馴試圖反抗，卻被夥星的東施喵輕易擊潰並受困於島上。亞玄感應到低周波的來源後，帶領著小智一行人朝遺跡中心挺進。
路卡利歐失控與迫近的危機
當眾人趕到銀河隊所在的遺跡時，發現銀河隊正試圖利用遺跡與神話中的傳說寶可夢——帝牙盧卡和帕路奇亞建立聯繫。隨著掃描進入最終階段，遺跡釋放出劇烈的能量與更為強大的低周波。在強烈的干擾下，即便是意志堅定的路卡利歐也終於無法承受，波導防禦崩潰後陷入了發狂狀態，反過來對亞玄與小智等人露出了獠牙。面對失控的朋友與銀河隊的野望，小智一行人陷入了前所未有的絕境。