豐緣聯盟落幕與夥伴的分道揚鑣
隨著寶可夢聯盟豐緣巡迴賽「彩幽大會」正式結束，小智與夥伴們帶著滿滿的回憶與友情踏上歸途。在前往古辰鎮的路上，眾人享用了小剛最後一次烹煮的料理，並在離別之際互相勉勵。小遙與小勝回到了位於橙華市的家，與媽媽美津子及溫室裡的寶可夢們如火稚雞、小卡比獸重逢，享受溫馨的家庭時光；而小剛則返回尼比市。小智與皮卡丘為了回到故鄉真新鎮，告別了夥伴後獨自踏上前往關都地區的旅程。
火箭隊總部的謊言與宿敵相遇
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵回到了關都地區的總部。為了博取坂木老大的賞識，他們厚著臉皮謊稱是自己瓦解了火岩隊與水艦隊。雖然坂木老大對此半信半疑，但仍表示期待他們的後續表現。隨後，三人組在總部遇見了宿敵亞瑪多與小三郎，發現對方不僅獲得了全新的科技裝備，更受到南波博士的器重。感到不甘心的武藏等人，發誓要奪取強大的皮卡丘獻給老大，以實現晉升幹部的夢想。
常青道館的意外挑戰：與四天王菊子的對戰
小智抵達常青市時，發現當地的常青道館已經重建。他在道館前遇到了開著跑車的神祕男子亞希達，並協助了一位因行李過重而跌倒的老婦人。令小智驚訝的是，這位老婦人竟然是關都四天王之一的菊子，目前正臨時擔任常青道館的館主。在亞希達的見證與裁判下，小智決定進行一場非正式的練習賽。小智派出皮卡丘對抗菊子的耿鬼，儘管皮卡丘展現了極高的速度與力量，但耿鬼利用優異的閃避技巧與幽靈屬性的特性，最終以「催眠術」搭配「食夢」擊敗了皮卡丘。賽後，菊子對小智的對戰潛力給予了高度評價。
對戰開拓區的全新目標與重聚真新鎮
賽後亞希達向小智介紹了關都地區的神祕對戰設施「對戰開拓區」。這是一個由七座設施組成的挑戰地，各個設施由實力媲美四天王的「開拓之腦」把守，獲勝者能得到「開拓象徵」。小智對此感到熱血沸騰，毅然決定接受這項全新的挑戰。正當此時，火箭隊再度現身攪局，卻被菊子的叉字蝠與皮卡丘聯手擊飛。隨後，小智終於回到了真新鎮，驚喜地發現小霞、大木博士、花子媽媽以及剛抵達的小勝與小田卷博士都在家中迎接他。在故鄉的溫暖氛圍中，小智為即將展開的對戰開拓區之旅做好了充分的準備。