三湖傳說寶可夢的預知夢與危機
故事開端，小智、小光與小剛三人同時夢見了湖中的傳說寶可夢——亞克諾姆、艾姆利多與由克希正遭到黑暗陰影追擊的景象。夢醒後，這股不安感揮之不去。與此同時，銀河團雇傭的寶可夢獵人J已率領部隊抵達立志湖，準備執行大規模的捕捉計畫。正在立志湖進行調查的小茂發現了他們的蹤跡，隨即派出月亮伊布與電擊魔獸試圖阻攔，卻遭到銀河團幹部鎮星的毒骷蛙頑強抵抗。
立志湖的爆炸與亞克諾姆被捕
鎮星向小茂解釋了「銀河炸彈」的威力，那是利用隨意鎮隕石能量開發的武器，能強行開啟異空間的通道。隨著炸彈投下，立志湖發生劇烈爆炸，空間被撕裂，傳說中的亞克諾姆被迫現身。遠在路途中的小智感同身受地體會到亞克諾姆的痛苦。儘管小茂奮力戰鬥，但在暴飛龍與毒骷蛙的夾擊下，亞克諾姆最終仍被獵人J的石化裝置捕捉。山梨博士隨後聯繫小智一行人，告知立志湖的異變以及小茂正在戰鬥的消息。
艾姆利多與由克希的現身與反擊
銀河團首領赤日指出，當湖中的三隻寶可夢有一隻被捕，其餘兩隻為了維持平衡必然會現身。果不其然，心齊湖的艾姆利多與睿智湖的由克希感應到夥伴的危機，紛紛施展瞬間移動來到立志湖。兩隻寶可夢展現強大的實力，同時對獵人J的飛船發動「未來預知」。然而，獵人J依舊冷酷地執行任務，在混亂中成功將艾姆利多與由克希一併捕獲。儘管銀河團獲得了勝利，但「未來預知」的效果隨後發動，強大的能量擊中飛船，導致獵人J的飛船墜入湖底沉沒。
銀河團本部的對峙與赤日的野心
小智、小光與小剛在神奧冠軍竹蘭的帶領下前往天冠山，準備與國際警察帥哥會合。然而，三人在途中突然被亞克諾姆等寶可夢的靈魂召喚，竟直接瞬間移動到了銀河團的總部大廳。在那裡，他們驚訝地發現曾有一面之緣的企業家赤日竟然就是銀河團的首領。赤日毫無避諱地展示被困在裝置中的三湖寶可夢，並宣稱他將利用「紅鏈」的力量召喚帝牙盧卡與帕路奇亞，創造一個沒有鬥爭與心靈的「新世界」。
決戰的序幕
面對赤日扭曲的理想，小智與小光憤怒地指責其欺騙與傷害寶可夢的行為，要求立即釋放三湖寶可夢。赤日則冷冷地表示，人類的感情才是爭端與毀滅的根源。隨後，赤日命令部下將小智等人拘捕，雙方隨即爆發激烈戰鬥。小智派出皮卡丘、小光派出波加曼，與小剛的夥伴一起對抗鎮星、火雁與伙星的寶可夢大軍。隨著三湖寶可夢陷入危機，守護神奧地區的最終決戰即將展開。