遇見強健的喬伊小姐與巨大的鯉魚王
正在橘子群島旅行的小智、小霞與小建，在海上目擊到一位划船速度極快且體格壯碩的女性，小建憑藉觀察員的直覺，斷定那是喬伊小姐。隨後，他們在海灘上發現了一隻體型異常巨大、身長超過三公尺的鯉魚王。此時，划船的女性現身，果然是喬伊小姐，但她的體格比一般印象中的喬伊小姐更加強壯健美。她熟練地為焦慮的鯉魚王餵食鈣片，並親手將其送回大海。
海上巡迴醫療與喬伊小姐的往事
這位喬伊小姐負責巡迴診斷那些沒有設置寶可夢中心的小島。小智一行人為了報答午餐之恩，決定協助她的醫療工作。他們跟隨喬伊小姐下潛至海中，觀察她治療大舌貝的過程，小智還一度被熱情的白海獅纏住。在休息期間，喬伊小姐分享了她的往事：小時候她曾救過一隻鯉魚王，後來當她不慎溺水時，正是那隻鯉魚王救了她，從此她立志成為保護寶可夢的醫生。而剛才那隻巨大的鯉魚王，正是當年的那隻救命恩人。
暴風雨中的緊急救援
氣象顯示颶風即將來襲，但喬伊小姐堅持要前往另一座小島，為生病的小海獅送藥。儘管海象惡劣，小智一行人擔心她的安全，決定不顧危險一同前往。途中，巨浪打翻了小智等人的小船，眾人在傑尼龜、瑪力露與海星星的引導下，好不容易才在附近的小島上暫時避難。
火箭隊的阻礙與鯉魚王的進化
此時，火箭隊駕駛著鯉魚王潛水艇出現，企圖趁亂搶走皮卡丘與吉利蛋。他們發射導彈困住了小智一行人。就在危機時刻，巨大的鯉魚王現身對抗潛水艇，雖然體型龐大，但仍難以與機械抗衡。在保護喬伊小姐的強烈意志下，鯉魚王竟然當場進化成了暴鯉龍。進化後的暴鯉龍雖然外表兇猛，但性格依舊溫柔，牠輕而易舉地擊毀了機械，將火箭隊打飛到遠方。
前往奈普魯道館的新旅程
危機解除後，喬伊小姐順利抵達目的地為小海獅完成了治療。暴鯉龍與喬伊小姐之間超越物種且長久深厚的羈絆，讓小智等人深感佩服。最後，喬伊小姐建議小智前往奈普魯島，那裡有橘子聯盟的奈普魯道館。帶著新的目標與對寶可夢友情的新體悟，小智一行人再次出發，準備迎接下一個挑戰。