夢幻計畫的最終階段
在小智與丹帝進行八大師淘汰賽決賽的同時，小豪正式以「追跡者」的身分與時夫、小茂在丰緣地區的凱那市港口集合。由於邊境小島的旱季比預期來得更早，夢幻計畫（Project Mew）團隊必須立刻出發。據穗高博士表示，去年在該島台地偵測到強大的精神能量，極有可能是夢幻發出的訊號。然而，島嶼周邊氣流不穩，團隊被迫在遠處降落，徒步前往目的地。
電子設備失靈與攀登挑戰
進入島嶼內部後，小豪負責操作升級後的精神能量探測器，該機器能與超夢的波動進行對比分析。但在接近台地時，強大的干擾導致所有電子設備失效，包括通訊器、手機洛托姆，甚至是精靈球。這意味著除了已經隨行在外的瑪狃拉、瑪力露麗與敲音猴，團隊無法喚出其他寶可夢。在隊長小劍的指揮下，眾人決定克服萬難徒手攀登峭壁。
未受污染的原始生態
攀登途中，團隊遭到盔甲鳥群的攻擊，被迫分成兩路前進。小豪與時夫在洞窟深處發現了令人驚嘆的原始生態，這裡宛如數億年未曾與外界接觸的封閉空間，不僅能見到小碎鑽，還有鐮刀盔、化石翼龍、太陽岩與月石等稀有的寶可夢。在調查過程中，小豪發現了被食用過的櫻子果以及細小的體毛，經研判極有可能是夢幻留下的痕跡，這讓眾人精神大振。
傳說中的巨獸現身
隨著搜索深入台地的地底湖，環境氣氛變得異常沉重。原本尋找夢幻的溫馨期待，在感知到夢幻強大的力量後轉為戒備。小劍提醒大家，夢幻的性格既像天使般仁慈，也可能像惡魔般殘酷。就在此時，地底湖的岩漿與湖水湧動，傳說中的寶可夢固拉多與蓋歐卡竟突然現身在小豪與時夫面前。面對這突如其來的神獸威脅，夢幻計畫的最終任務陷入了巨大的危機與謎團之中。