櫻木公園的日常與守護者
故事發生在櫻木研究所的櫻木公園內，小智與小豪正一如既往地照顧著寶可夢們。小春受櫻木博士之託，在公園內定期拍攝寶可夢的照片。來電汪在公園中扮演著如同「大哥」般的角色，四處奔走解決糾紛。牠先是幫助敲音猴找回弄丟的木棒，接著又發現凱羅斯因為赫拉克羅斯被裙兒小姐和幼棉棉的甜美香氣吸引而感到失落，來電汪隨即找來冷水猴用噴水讓赫拉克羅斯清醒，成功化解了凱羅斯的憂鬱。
混亂的水源與聲波對抗
隨後，公園內出現了更大的混亂。波波和小拉達與一群岩石屬性寶可夢因為爭奪地盤而發生衝突，泥偶巨人周遭也顯得不安。來電汪帶領眾人前往上游調查，發現磨牙彩皮魚因為水源受到污染而發出痛苦且刺耳的磨牙聲，導致岩石寶可夢紛紛逃離原棲息地。為了平息噪音，來電汪靈機一動找來超音波幼蟲，利用物理上的聲波抵消原理，成功讓磨牙彩皮魚安靜下來。眾人接著在水中發現了黏滑的物質，並在瀑布附近發現了這一切的起因——一隻臭泥。
臭泥的溫情與水君的奇蹟
經過調查，眾人發現臭泥原本住在洞穴中，但為了將住處讓給新加入的呱呱泡蛙，才獨自搬遷到瀑布。由於臭泥的體質會污染水源，才導致了這場生態危機。小智與小豪決定發動大家的力量，共同為臭泥建造一個專屬的新家。就在新家完工需要純淨水源時，傳說中的寶可夢水君突然現身。水君感應到了來電汪與眾人的努力，施展「求雨」淨化了水源並填滿了臭泥的新池塘，隨後在眾人的目送下離去。櫻木公園恢復了往日的和平，小春也成功拍下了許多來電汪英勇表現的照片。
邁向大師球級的挑戰
在忙碌的一天結束後，小智收到了寶可夢世界錦標賽的正式通知。他目前的排名已升至第9名，即將迎來關鍵的「八大師換位戰」。他的對手是排名第8名的伽勒爾地區勁敵——奇巴納。如果贏得這場比賽，小智就能正式進入最強的「八大師」行列。為了提升實力，小智與路卡利歐燃起鬥志，並決定前往卡洛斯地區尋找昔日的夥伴甲賀忍蛙進行特訓。