異世界的相遇與時空異變
故事延續上一集，小智、小豪與小春為了尋找失蹤的波加曼來到神奧地區，卻意外穿過光之門進入了另一個平行世界。在這裡，小智遇見了另一個世界的自己。與此同時，這個世界正發生嚴重的「時間倒流」現象，受影響的寶可夢會逐漸忘記招式，退化成最初型態，最後甚至變回蛋。山梨博士解釋，這種異象是源於空間神帕路奇亞與時間神帝牙盧卡的衝突導致時空扭曲，如果不阻止，甚至連人類都會退化成嬰兒。
槍之柱的激鬥
為了恢復秩序，小智一行人與異世界的朋友們趕往天冠山頂的「槍之柱」。在那裡，他們發現帕路奇亞與帝牙盧卡正陷入瘋狂的爭鬥，而幕後黑手正是異世界的火箭隊。火箭隊利用寄宿了阿爾宙斯力量的「紅色鎖鏈」束縛並操縱這兩隻傳說中的寶可夢，企圖藉由時空倒流將所有寶可夢變回蛋後重新進行洗腦教育，以此征服世界。
眾人的祈願與阿爾宙斯的感應
儘管小智等人的寶可夢在戰鬥中因時空倒流而變回蛋，連孩子們自己也逐漸縮小變幼，但他們仍不放棄。小智提議將所有熱愛寶可夢的心情傳達給創造神阿爾宙斯。在眾人至誠的祈禱下，阿爾宙斯展現神蹟，切斷了束縛神獸的紅色鎖鏈。恢復理智的帝牙盧卡與帕路奇亞聯手平息了時空波動，使一切恢復原狀，被奪走的寶可夢也全數歸還。
時空的告別
隨著時空扭曲的修復，連接兩個世界的門即將關閉。兩個世界的小智、小豪、小春與小光在彼此感謝中道別，並約定未來可能透過網路再次聯絡。最終，小智一行人成功回到了原本的世界，神奧地區也重現往日的和平，這次跨越時空的冒險成為了他們心中難忘的羈絆。