前往合眾地區的調查與意外插曲
小智與小豪為了調查「齒輪兒出現新進化型」的傳聞，特地來到了合眾地區。然而，這一切其實只是帆巴市一家餅乾店為了宣傳「等身大齒輪兒曲奇餅乾」而編造的噱頭，讓滿心期待的小豪大感失望。雖然調查落空，但同行的小春倒是開心地買了許多合眾地區的特產。與此同時，一直跟蹤小智一行的火箭隊三人組也因為被假新聞欺騙而感到沮喪，正盤算著要抓捕皮卡丘來彌補損失。
地下迷宮引發的角色大走散
在帆巴市的市場中，敲音猴與伊布意外發現了一個祕密地道並墜入其中，小智、小豪與小春隨即追了上去。火箭隊見機不可失，也跟著進入洞穴準備捕捉皮卡丘，但在混亂的追逐中引發了濃煙，導致所有人在如迷宮般的下水道中走散，並與平時的夥伴交換了搭檔：小智與飢餓的莫魯貝可同行、小豪帶著皮卡丘、小春與喵喵在一起、武藏與小次郎則帶走了伊布，而敲音猴則和果然翁待在一塊。
跨越陣營的奇妙互動
在走散期間，各組人馬展開了有趣的互動。小豪在與皮卡丘共同對抗強敵蟾蜍王時，發現皮卡丘不顧後果、勇往直前的戰鬥風格簡直跟小智如出一轍，深刻感受到寶可夢與訓練家的相似之處。另一邊，喵喵被小春溫柔地包紮傷口所感動，甚至產生了想脫離火箭隊、讓小春收服自己的念頭；而武藏與小次郎則試圖將小春的伊布培養成火箭隊的間諜，並賣力地教導牠火箭隊的登場口號。
鐵蟻巢穴的危機與收服
眾人最終在鐵蟻的巢穴中重逢，並發現這座地下迷宮其實是鐵蟻們建造的龐大巢穴。此時，鐵蟻的天敵——熔蟻獸也出現在洞穴中獵食，引發了群體大混亂。在驚險逃命的過程中，眾人齊心協力應對危機，小豪也發揮了捕捉寶可夢的實力，成功收服了一隻鐵蟻。喵喵原本想趁機向小春表達追隨之意，但在看見武藏與小次郎熱情地呼喚並迎接牠回歸時，最終還是深受感動地回到了火箭隊夥伴身邊。
溫馨重聚與落幕
經歷了一場地底洗牌大冒險後，眾人終於平安逃離下水道回到地面。雖然火箭隊隨即因為莫魯貝可性格大變發動攻擊而被打飛，但這段奇妙的經歷也讓小智、小豪與小春更加珍惜身邊的夥伴。最後，大家帶著合眾地區的回憶與特產，繼續踏上實現夢想的旅程。