小春的迷茫與特別的伊布
故事從小春對未來的猶豫展開。作為櫻木博士的女兒，她時常感受到他人對於她「理所當然」會成為寶可夢訓練家或研究家的過度期待，這讓她對未來感到排斥與迷茫。與此同時，在伊布進化研究所中，有一隻基因極其不穩定的特別伊布，無論研究員嘗試使用哪種進化石，它都無法產生反應並進化。這隻對外界充滿好奇的伊布，在偶然間跟隨著櫻木研究所的來電汪逃出了實驗室，並一路來到了小春所在的學校。
校園中的追逐與火箭隊的攪局
來電汪帶著伊布在校園內找到了小春，但隨之而來的是緊追在後的研究所研究員。小春與小豪因誤會研究員是企圖擄走寶可夢的可疑人士，為了保護伊布而帶著它在校園內四處躲藏。此時，火箭隊三人組潛入了學校，打算利用強大的吸塵器機械將校內所有的寶可夢一網打盡。小豪的閃焰王牌與淚眼蜥在混亂中不幸被捕，校園陷入了一片混亂。
心靈共鳴與共同作戰
面對火箭隊的威脅，小春挺身而出保護伊布。這隻伊布展現了強烈的戰鬥意志，並發揮其模仿的天性，學會了來電汪的「電光」招式與其並肩作戰。小智也隨後帶著皮卡丘趕到現場，在眾人的通力合作下，皮卡丘以十萬伏特成功擊碎了火箭隊的機械並將他們擊飛。戰鬥結束後，趕來的研究員向小春解釋了這隻伊布的特殊之處，認為它或許是因為還沒決定好要成為什麼樣的進化型態，正處於迷茫之中。
首度收服與全新的開始
小春在伊布身上看到了與自己相似的處境，同樣都對未來的選擇感到迷惘，這讓她與伊布產生了深刻的心靈共鳴。在研究員的提議與眾人的見證下，小春鼓起勇氣向伊布拋出了精靈球，正式收服了她人生中的第一隻夥伴寶可夢。為了支持小春，櫻木博士送給她專屬的手機洛托姆。小春與這隻充滿無限可能性的伊布，決定一起慢慢尋找屬於她們的未來道路。