草路鎮的調查與闇夜的傳說
小豪與索妮亞來到草路鎮觀察巨大的地畫，進一步探討伽勒爾地區的古老傳說。索妮亞描述當黑色旋渦籠罩大地時，巨大的寶可夢會引發暴走，最終由一名手持劍與盾的英雄平息災厄。小豪根據以往見到傳說寶可夢洛奇亞的經驗，推測所謂的「闇夜」可能就是一隻擁有強大力量的寶可夢。與此同時，洛茲總裁與奧利薇在祕密基地監視著正被喚醒的災厄來源——無極汰那，洛茲堅信這股力量將成為拯救伽勒爾未來千年的能源。
礦山的激戰與洛茲總裁的邀請
另一邊，小智與丹帝趕往礦山阻止因伽勒爾粒子而暴走的超極巨化巨炭山。在丹帝的多龍巴魯托與小智的耿鬼、皮卡丘通力合作下，兩人成功平息了騷動。戰鬥結束後，洛茲總裁現身並向小智介紹自己，他對小智的對戰才能讚賞有加，隨後邀請小智共進晚餐。在席間，洛茲提出願意全面資助小智，希望他能留在伽勒爾為未來的發展出力，但小智以想靠自己的雙腳環遊世界、與各種寶可夢相遇為由，婉拒了這份邀請。
木蘭博士的警示與極巨腕帶
小豪前往木蘭博士的研究所，學習關於極巨化與伽勒爾粒子的相關知識。木蘭博士利用剛掉落的許願星，現場製作了一條「極巨腕帶」送給小豪，使他也能掌握極巨化的力量。木蘭博士私下向索妮亞透露，她曾與洛茲總裁合作研究，但因察覺洛茲眼中隱含的狂傲與不擇手段的性格而退出。她預感近期發生的寶可夢暴走事件與洛茲有關，因此囑咐索妮亞必須加緊解開傳說之謎，尋找平息災害的方法。
溯傳鎮壁畫的衝突與隱藏的真相
小豪與索妮亞隨後前往溯傳鎮調查遺蹟壁畫。在那裡，他們遭到一名神祕男子的攔截，對方為了阻止調查，派出了超極巨化的灰塵山。在危急時刻，小豪決定使用剛得到的極巨腕帶，讓騰蹴小將進行極巨化與之對抗。在兩隻巨型寶可夢激烈的戰鬥衝擊下，遺蹟的壁畫結構發生崩塌，壁畫後方竟顯露出隱藏已久的古代石像，傳說中神祕英雄的真實身分似乎即將揭曉。